Blue Marlin och hennes systerfartyg ägdes av Offshore Heavy Transport i Oslo, Norge, från det att de byggdes i april 2000 respektive november 1999 till den 6 juli 2001, då de köptes av Dockwise. Den amerikanska flottan hyrde Blue Marlin av Offshore Heavy Transport för att flytta tillbaka destroyer USS Cole till Förenta staterna efter att krigsfartyget skadats av självmordsbombare från al-Qaida när det låg för ankar i hamnen i Aden i Jemen. Under senare delen av 2003 ökade Blue Marlin sin kapacitet och fick två infällbara propellrar för att förbättra manövrerbarheten. Fartyget togs åter i bruk i januari 2004. Efter dessa förbättringar levererade Blue Marlin oljeplattformen Thunder Horse PDQ, som väger 60 000 ton, till Corpus Christi i Texas för färdigställande.
I juli 2005 flyttade Blue Marlin gasraffinaderiet Snøhvit från byggplatsen i Cádiz till Hammerfest, en resa på 11 dagar. Denna transport filmades för TV-programmet Extreme Engineering på Discovery Channel och även för TV-programmet Mega Movers på History Channel.
I november 2005 lämnade Blue Marlin Corpus Christi för att flytta den massiva havsbaserade X-band-radaren till Adak, Alaska, via Sydamerikas sydspets och Pearl Harbor, Hawaii. Den anlände till Pearl Harbor den 9 januari 2006 efter att ha rest 15 000 miles. I januari 2007 användes Blue Marlin för att flytta två jack-up riggar, Rowan Gorilla VI och GlobalSantaFe Galaxy II, från Halifax hamn till Nordsjön.
Den 16 juni 2012 anlände fartyget till Ferrols hamn som förberedelse för att transportera det ofullständiga amfibiekrigsskeppet HMAS Canberra till Melbourne. Det australiska fartyget lyftes på Blue Marlin den 4 augusti 2012 och skulle avgå den 12 augusti med destination Australien BAE Systems varv i Williamstown. Fartyget passerade Port Phillip Heads och anlände till Melbourne den 17 oktober 2012.
I maj 2019 kapades Blue Marlin kortvarigt utanför Ekvatorialguineas kust. Besättningen tog skydd i fartygets citadell, medan piraterna sköt upp bryggan i frustration och flydde innan ekvatorialguineanska och spanska flottor anlände.