Men även om Egyptens press var friare än under Nasser och Sadat införde Mubarak 1995 en lag som innebar att journalister eller partiledare skulle fängslas om de publicerade nyheter som skadade en regeringstjänsteman. Folkliga påtryckningar fick församlingen att minska lagen, som så småningom ogiltigförklarades av Egyptens författningsdomstol. Den växande censuren från de islamiska domstolarna och rektorn för al-Azhar-universitetet mildrade dock yttrande- och pressfriheten i slutet av 1900-talet och början av 2000-talet.
I sin kamp mot den islamistiska terrorismen tog Mubaraks regim till förebyggande frihetsberövanden och, enligt uppgift, till tortyr. Egyptiska terrorister mördade å sin sida flera regeringsministrar, dödade nästan Mubarak själv i Addis Abeba i Etiopien 1995 och sköt ner turister i närheten av Egyptens mest kända monument – inklusive en särskilt våldsam attack i Luxor 1997. En ledande islamist, Sheikh ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, flydde till USA, där han 1993 deltog i en lastbilsbombsattack mot World Trade Center i New York och senare dömdes till livstids fängelse för det brottet och för konspiration för att begå ytterligare attacker. En annan islamistisk ledare, en kairenisk barnläkare vid namn Ayman al-Zawahiri, flydde till Afghanistan, där han ledde medlemmar av EIJ till att ansluta sig till den transnationella terroristorganisationen al-Qaida. Trots regeringens initiativ för att kontrollera problemet förblir den inhemska terrorismen ett hot mot Egyptens stabilitet.
En del sociala och ekonomiska problem härrörde antingen från eller förvärrades av Egyptens deltagande i kriget vid Persiska viken (1990-91) på den USA-ledda koalitionens sida. Egyptiska trupper deltog i konflikten, liksom soldater från många arabländer. Även om Egypten belönades för sitt deltagande genom att det fick förlåtelse för miljarder dollar som det var skyldigt för inköp av vapen från västvärlden, förlorade många egyptiska expatrierade arbetare sina arbeten i Irak på grund av det landets invasion av Kuwait. Egyptens förhoppningar om att dess entreprenörer skulle vinna anbud för att hjälpa till att återuppbygga Kuwait efter kriget blev också besvikna, och en plan om att stationera egyptiska och syriska trupper som fredsbevarande styrkor i regionen avvisades av Gulfstaterna. Kanske är det förståeligt att ekonomiskt ansträngda egyptier började hysa agg mot rika saudier, kuwaitier och andra araber från Gulfstaterna som ofta tillbringade sina semestrar med att spela på Kairos lyxhotell.
Den egyptiska allmänheten blev också skeptisk till de pågående ansträngningarna från flera på varandra följande amerikanska presidenter och deras egen president för att främja freden mellan Israel och andra arabländer, och i synnerhet mellan Israel och palestinierna. I en föränderlig global ekonomi fanns det en folklig misstanke om att sådana försök att främja bättre förbindelser kunde ha någon baktanke. I synnerhet fruktade många egyptier ett eventuellt amerikanskt och israeliskt försök att manipulera Egyptens industrier, särskilt sedan dator- och informationsteknik – som Egypten var starkt beroende av västvärlden för att skaffa och använda – blev allt viktigare för den ekonomiska tillväxten. Sedan 2004 har emellertid utvidgningen av landets internetanslutning stått särskilt högt på den ekonomiska dagordningen för Egyptens premiärminister, Ahmad Nazif, som själv är datatekniker.
I själva verket var Mubaraks engagemang för inhemsk utveckling uppenbart i hans val av tre på varandra följande ekonomiska planerare som premiärminister under 1990-talet. Och även om Egypten blev alltmer sofistikerat ekonomiskt, skedde det till ett högt pris. Landets oberoende begränsades av inblandning från internationella långivare som IMF, och en växande skillnad i inkomst och tillgång till resurser ansträngde relationerna mellan rika och fattiga medborgare och bidrog till att urholka enigheten mellan muslimer och kopter. Medan vissa muslimer anklagade kopterna för att fungera som agenter för främmande makter och för att kontrollera Egyptens ekonomi, anklagade vissa kopter muslimerna för att förstöra kyrkor och tvinga egyptiska kristna att konvertera till islam. Även om både muslimska och kristna egyptier för det mesta har ansträngt sig för att minimera sina meningsskiljaktigheter offentligt för att upprätthålla den nationella enheten, har den snabba och ojämna utvecklingen i slutändan utgjort ett hot mot Egyptens politiska och kulturella ledarskap i arabvärlden.
Arthur Eduard Goldschmidt
De interna spänningarna växte i takt med att Mubarakregimen fortsatte att undertrycka oppositionen, arresterade oliktänkande ledare och begränsade det politiska uttrycket. Utbredda oegentligheter observerades i parlamentsvalet i november 2010, som NDP vann med överväldigande majoritet, vilket i praktiken eliminerade oppositionspartier från folkförsamlingen.