Sambandet mellan migrän och funktionella gastrointestinala störningar har bekräftats av många kliniska observationer och epidemiologiska studier. Hos de flesta patienter under migränattacker förekommer, förutom olika neurologiska och vaskulära symtom, gastrointestinala störningar inklusive illamående, kräkningar, buksmärtor eller diarré. Funktionella gastrointestinala störningar, t.ex. irritabelt tarmsyndrom (IBS), rapporteras hos migränpatienter även under perioderna mellan attackerna. Å andra sidan har 23-53 % av IBS-patienterna ofta huvudvärk. Migrän och IBS förekommer ofta tillsammans med fibromyalgi och andra kroniska smärtsyndrom och funktionella störningar. Migrän och IBS drabbar cirka 10-20 % av den allmänna befolkningen, vanligen unga vuxna. Båda sjukdomarna är vanligare hos kvinnor, kanske på grund av östrogenets roll i deras patogenes. I sökandet efter gemensamma patogenetiska mekanismer för IBS och migrän beaktas hjärnans och tarmens axel samt neuroimmuna och neuroendokrina interaktioner. Stressens inverkan på symtomens förekomst och svårighetsgrad verkar vara förknippad med hyperaktivitet i hypotalamus-hypofys-binjureaxeln. Det enteriska nervsystemet som en källa till många neurotransmittorer och viscerala reflexer är en trolig gemensam patogen länk mellan IBS och migrän. Särskilt serotonin, som är den viktigaste neurotransmittorn i mag-tarmkanalen, spelar en viktig roll i patogenesen för både IBS och migrän. Numera är agonister och antagonister av serotoninerga receptorer de mest effektiva läkemedlen för behandling av IBS och migrän. Vissa biverkningar av triptaner, 5-HT(1B/D)-agonister, som används vid migränbehandling kan ha samband med triptanernas påverkan på de gastrointestinala funktionerna. En bättre förståelse av sambandet mellan migrän och IBS kan leda till effektivare behandling av båda sjukdomarna.