Illustrerad i figur 2(a) är fluorescensemissionsprofilen med hjälp av DAPI-FITC-filterblocket och en odling av fibroblastceller från indisk Muntjac-fibroblast som färgats med Alexa Fluor 488 konjugerad till phalloidin, som binder till det filamentösa intracellulära aktinnätverket. Absorptionsmaximum i synligt ljus för Alexa Fluor 488 är 495 nanometer och emissionsmaximum inträffar vid 519 nanometer i den gröna delen av spektrumet. Dessutom färgades provet samtidigt med DAPI (som riktar sig mot DNA i cellkärnan; excitation vid 358 nanometer och emission vid 461 nanometer) och MitoTracker Red CMXRos (som riktar sig mot mitokondrier; röd emission). Notera frånvaron av signal från den röda fluoroforen (MitoTracker), men närvaron av ljusgrön fluorescens som uppvisas av aktinfilamenten och den något mindre intensiva blå signalen från DAPI i cellkärnan.
Figur 2(b) visar ett tunt snitt av musentarm som färgats med Alexa Fluor 350 vetegroddsagglutinin, ett blått fluorescerande lektin som är specifikt för slemmet i gobletceller. Dessutom färgades provet samtidigt med Alexa Fluor 568 phalloidin (filamentöst aktin; 600 nanometer emission) och SYTOX Green (kärnor; 504 nanometer excitation och 523 nanometer emission). Observera den låga signalnivån från den blå fluoroforen (Alexa Fluor 350), men den ljusgröna fluorescensen hos kärnorna i vävnadsprovet på grund av SYTOX Green-fluorescensen. Denna dubbla excitationsfilterkombination eliminerar effektivt signalen från den röda sonden (Alexa Fluor 568).
Figur 2(c) visar fluorescensemissionsintensiteten från en odling av epitelceller från råttkänguru (PtK2) som var immunofluorescerande märkta med primära monoklonala antikroppar av monoklonal mus mot alfa-tubulin från nötkreatur, följt av get anti-mus Fab-fragment konjugerade till Alexa Fluor 488. Dessutom märktes provet med Hoechst 33258, som selektivt binder till DNA i cellkärnan, och MitoTracker Red CMXRos (som riktar sig mot mitokondrier; röd fluorescens). Observera den framträdande gröna färgningen av det intracellulära mikrotubuli-nätverket som sträcker sig genom hela cytoplasman och den blå emissionen från Hoechst 33258 som är bunden till DNA i cellkärnan. Cellen i den nedre delen av bilden verkar genomgå mitos i prometafas eller metafas.
Celler av schweizisk mus (3T3-linjen) som är immunofluorescerande märkta med primära monoklonala antikroppar mot cytokromoxidas av mus följt av get-antimus-Fab-fragment konjugerade till Alexa Fluor 568 illustreras i figur 2(d). Provet märktes också med flera ytterligare prober, inklusive lektin Helix pomatia agglutininin (HPA) konjugerat till Alexa Fluor 488 (grönt utsläpp), som selektivt binder till glykoproteiner i Golgiapparaten i denna cellinje. Cytoskeletala aktinfilament färgades med Alexa Fluor 680 (röd excitation; nära infraröd emission) och kärn-DNA märktes med DAPI (blå emission). Observera den framträdande gröna färgningen av Golgiapparaten och den blå fluorescensintensiteten som observeras i kärnorna.
Fluorescensutsläpp från ett tunt snitt av en musnjure som färgats med flera (3) fluoroforer presenteras i figur 2(e). Kärnorna i vävnadsavsnittet målades med nukleinsyrasonden DAPI, som har ett excitationsmaximum vid 358 nanometer och ett emissionsmaximum vid 461 nanometer när den är bunden till DNA i cellkulturer och vävnadsavsnitt. Dessutom färgades kryostatsektionen samtidigt med Alexa Fluor 488 vetegroddsagglutinin (glomeruli och konvoluterade tubuli) och Alexa Fluor 568 phalloidin (filamentöst aktin och borstkanten). Observera förekomsten av signal från både de blå (DAPI) och gröna (Alexa Fluor 488) proberna, men frånvaron av orange-röd fluorescens på grund av Alexa Fluor 568-konjugat i aktin och borstkantens nätverk.
Autofluorescensutsläpp från ett tunt snitt av en majskärna (Zea mays) visas i figur 2(f). Endogen autofluorescens i växtvävnader kommer från en mängd olika biomolekyler, inklusive klorofyll, karoten och xantofyll. I de ultravioletta och blå exciteringsområdena har klorofyll ett absorptionsband med en hög extinktionskoefficient och producerar en betydande mängd fluorescens när det exciteras med våglängder mellan 350 och 500 nanometer. För den majskärnvävnad som illustreras ovan noterar man förekomsten av autofluorescensemission i de blå och gröna spektralområdena, vilket är karakteristiskt för Nikon DAPI-FITC-fluorescensfilterkombinationen.