Markoff föddes i Oakland, Kalifornien, och växte upp i Palo Alto, Kalifornien. Han tog examen från Whitman College i Walla Walla, Washington, med en kandidatexamen i sociologi 1971. Dessutom fick han en magisterexamen i sociologi från University of Oregon 1976.
När han lämnade forskarutbildningen återvände han till Kalifornien där han började skriva för Pacific News Service, ett alternativt nyhetssyndikat med säte i San Francisco. Han frilansade för ett antal publikationer, bland annat The Nation, Mother Jones och Saturday Review. År 1981 blev han en del av den ursprungliga personalen för datorindustrins veckotidning InfoWorld. År 1984 blev han redaktör på Byte Magazine och 1985 lämnade han den för att bli reporter på affärsavdelningen på San Francisco Examiner, där han skrev om Silicon Valley.
År 1988 flyttade han till New York för att skriva för affärsavdelningen på New York Times. I november 1988 rapporterade han att Robert Tappan Morris, son till National Security Agencys kryptograf Robert Morris, var upphovsman till det som skulle bli känt som Internetmasken.
I december 1993 skrev han en tidig artikel om World Wide Web, där han hänvisade till den som en ”karta till informationsålderns begravda skatter”.
Markoff och Kevin MitnickRedigera
Sök efter källor: ”John Markoff” – nyheter – tidningar – böcker – scholar – JSTOR (mars 2008) (Lär dig hur och när du tar bort det här mallmeddelandet)
Den 4 juli 1994 skrev han en artikel om Kevin Mitnick, som då var på flykt från ett antal brottsbekämpande myndigheter. Han skrev ytterligare flera artiklar med detaljer om Mitnicks tillfångatagande. Markoff skrev också tillsammans med Tsutomu Shimomura boken Takedown om jakten. Boken blev senare en film som släpptes direkt på video i USA. Markoffs skrifter om Mitnick var föremål för kritik från Mitnick-anhängare och obundna parter som hävdade att Markoffs skildringar överdrev eller till och med uppfann Mitnicks verksamhet och framgångar. Markoff stod fast vid sin rapportering i flera svar.
Filmen gick mycket längre och Markoff själv förklarade till San Francisco Chronicle år 2000: ”Jag tyckte att det var en i grunden ohederlig film”. (Mitnick uppgav att han förlikat en rättsprocess med distributören Miramax om filmen, men detaljerna var konfidentiella; Miramax har inte bekräftat detta.)
Markoff anklagades också av Jonathan Littman för journalistisk olämplighet och för att ha överhypat Mitnicks faktiska brott. Littman publicerade en mer sympatisk beskrivning av Mitnicks tid som flykting i sin egen bok om händelsen, The Fugitive Game. Ytterligare kontroverser uppstod i samband med att filmen Takedown släpptes, där Littman hävdade att delar av filmen utan tillstånd hade hämtats från hans bok The Fugitive Game.
Markoffs inblandning i Mitnick behandlas grundligt i dokumentärfilmen Freedom Downtime, där en intervju görs med Markoff som inte kan utveckla sanningshalten i Mitnicks anklagelser.
Post-MitnickEdit
Efter Mitnick fortsatte Markoff att skriva om teknik och fokuserade ibland på trådlösa nätverk och skrev tidiga artiklar om trådlöst bredband utan siktlinje, phased-array-antenner och MIMO-antennsystem (multiple-in, multiple-out) för att förbättra Wi-Fi. Han bevakade Jim Gilloglys brott mot de tre första sektionerna av CIA:s Kryptos-chiffer 1999 och skriver regelbundet om halvledare och superdatorer. Han skrev de två första artiklarna som beskriver amiral John Poindexters återkomst till regeringen och skapandet av projektet Total Information Awareness. Han delade 2005 års Gerald Loeb-pris i kategorin Deadline Writing för berättelsen ”End of an Era”. År 2009 flyttade han från New York Times avsnitt Business/Tech till avsnittet Science.
Markoff bidrog till New York Times personalpost som fick 2013 års Pulitzerpris för förklarande rapportering. Serien av tio artiklar utforskade affärsmetoderna hos Apple och andra teknikföretag. Han gick i pension från sin heltidstjänst på New York Times den 1 december 2016. Han fortsätter att arbeta som frilansjournalist för Times och andra organisationer och är volontär på Computer History Museum.
Markoff intervjuas i Do You Trust This Computer?, en dokumentärfilm om artificiell intelligens från 2018.