Gaffigan började sin karriär som skådespelerska på regional teater och när hon flyttade till New York uppträdde hon i sketchgrupper och i små teatergrupper där dramatiker utvecklade originalpjäser. Gaffigan grundade det icke-vinstdrivande teaterkompaniet Shakespeare on the Playground, som ägnar sig åt att lära ut läs- och skrivkunnighet och produktion till stadsungdomar genom att framföra fullständiga Shakespeare-pjäser. Hon började skriva och producera komedier tillsammans med sin vän och blivande make Jim Gaffigan. Sedan dess har Gaffigan hjälpt till att skriva och producera alla Jims fem komedispecials och även varit regissör för hans femte special.
Gaffigan skrev tillsammans med Jim Gaffigan och Conan O’Brien en animerad serie som hette Pale Force med Jim Gaffigan och Conan O’Brien i huvudrollerna, för vilken hon fick en Emmy-nominering. Hon arbetade med den tillsammans med sina bröder Paul Noth, en tecknare från New Yorker, och Patrick Noth, en komediförfattare och kompositör.
2013 började Gaffigan utveckla en pilotfilm tillsammans med sin man med titeln The Jim Gaffigan Show. Efter att ha arbetat med NBC och CBS landade showen på TV Land där Gaffigan skrev och producerade alla 22 avsnitt tillsammans med Jim. Hon regisserade det avslutande avsnittet av säsong 2. I augusti 2016 beslutade Jim och Jeannie att inte fortsätta med säsong 3 av showen så att de kunde tillbringa mer tid med sin familj.
I juli 2015 medverkade Gaffiganparet i NPR-programmet Ask Me Another, där Gaffigan spelade en version av Newlywed Game; hon fick alla svaren rätt.
Sedan den 8 april 2016 har Gaffigan medverkat i en marknadsföringskampanj för 2017 års Chrysler Pacifica med Jim Gaffigan och parets barn i huvudrollerna.
I mars 2016 fick hon en Christopher Award för avsnittet ”My Friend the Priest” i säsong 1 av The Jim Gaffigan Show. Hon fick också Eloquentia Perfecta-priset från Fordham University för sitt arbete inom television och media.
I maj 2016 höll paret Gaffigan talet vid Catholic University of America. Gaffigans höll också talet vid Gaffigans alma mater Marquette University den 20 maj 2018. De tilldelades båda en hedersdoktorsexamen i humana litteraturer som en del av examensceremonin.
I juni 2018 släppte Gaffigans en kort video skriven och regisserad av Gaffigan, med Jim, Marre, Jack, Katie, Michael och Patrick Gaffigan i huvudrollerna, kallad A Short Film by @JeannieGaffigan.