RevcoEdit
Med en ny partner, Bernard Marden, och med hjälp av de färdigheter han fått som grossist bildade han företaget Odd Lot Trading, en grossist och återförsäljare av utgående varor. I maj 1984 sålde de Odd Lot till Revco Discount Drug Stores i utbyte mot 12 procent av Revco-aktierna. Han utmanade snart Revcos ledning om kontrollen över företaget, men efter inledande positiv feedback fick han avslag. Perlmutter och hans partner hotade med ett fientligt övertagande men avstod så småningom och sålde tillbaka sin andel till Revco för 120 miljoner dollar.
ColecoEdit
Perlmutter hade ett nära förhållande till ledningen för leksakstillverkaren Coleco Entertainment Corporation, eftersom han hade köpt osålda lager från dem under en tid. Som vanligt i branschen var betalningsvillkoren ofta ovanliga. Hos Coleco köpte Perlmutter osålda lager i utbyte mot 50 % kontanter och 50 % i ”bytesreklamkrediter” (i princip ett löfte om att betala Colecos framtida reklamkostnader). Under en fyraårsperiod hade Perlmutter fått 144 miljoner dollar i varor och betalat 73 miljoner dollar i kontanter samt tillhandahållit 71 miljoner dollar i reklamkrediter som skulle betalas i framtiden.
År 1988 såg han en möjlighet när Coleco kämpade med sina skulder på grund av att persondatorn kom till, vilket påverkade försäljningen av videospel. Perlmutter köpte alla Colecos prioriterade skulder (med 85 miljoner dollar i nominellt värde) för 50 miljoner dollar, en betydande rabatt, och blev därmed prioriterad i förhållande till deras obligationsinnehavare i händelse av en konkurs. Även om Perlmutter trodde att en konkurs för Coleco var sannolik, ansåg han också att värdet på Colcos tillgångar borde vara tillräckligt för att täcka hela värdet på 85 miljoner dollar som han hade köpt. I juli 1988 ansökte Coleco om konkurs enligt kapitel 11. Obligationsinnehavarna, som var misstänksamma mot Perlmutters nära förbindelser med Colcos ledning, stämde Perlmutter och hävdade att de hade gjort sig skyldiga till bedräglig överlåtelse av reklamkrediterna i form av byteshandel (som utgjorde en mycket viktig post i Colcos balansräkning). Efter omfattande förhandlingar nåddes en uppgörelse där Coleco skulle säljas till Hasbro Corporation för 85 miljoner dollar och Perlmutter skulle acceptera 64 miljoner dollar för sin fordran på nu 90 miljoner dollar (kapital plus ränta) i utbyte mot att stämningen drogs tillbaka.
RemingtonEdit
1994 sålde Victor Kiam kontrollerande andelar av Remington Products till Isaac Perlmutter. Perlmutter blev vice ordförande för Remington. Kiam och Perlmutter sålde Remington till Vestar Capital Partners 1996.
MarvelEdit
Isaac Perlmutter var styrelseledamot i Marvel Comics från och med april 1993 och var styrelsens ordförande fram till mars 1995.
Isaac Perlmutter var också tillsammans med Avi Arad delägare i Toy Biz (senare Marvel Toys) efter att ha köpt dess föregångsföretag från Charan Industries i januari 1990. Toy Biz, Inc. omorganiserades i samband med Marvel-affären och Perlmutter fortsatte att äga det ursprungliga Toy Biz, Inc. som bytte namn till Zib, Inc. Zib innehade sitt utländska försäljningsbolag, Toy Biz International Ltd, ett företag i Hongkong och Perlmutters andel av det nya Toy Biz, Inc.
När Marvel-koncernen gick i konkurs 1996 följde utdragna rättstvister om kontrollen över företaget mellan Perlmutter, Arad, Carl Icahn och Ronald Perelman. År 1997 hade Perlmutter och Arad etablerat kontroll över företaget och trängt ut Icahn och Perelman. ToyBiz och Marvel slogs samman till Marvel Enterprises för att ta det ur konkursen i juni 1998, där ToyBiz blev en division i det nya företaget.
Den 30 november 2001 blev Perlmutter vice ordförande i Marvel. Han blev verkställande direktör för Marvel Comics den 1 januari 2005. Han förblev VD för Marvel Entertainment även efter att Marvel förvärvades av The Walt Disney Company den 31 december 2009. Även om Perlmutter fick 800 miljoner dollar i kontanter och 590 miljoner dollar i Disney-aktier efter förvärvet ville han inte ha en plats i Disneys styrelse.
I september 2015 slutade Perlmutter att övervaka utvecklingen av Marvel Studios. Disney ansåg att studions chef, Kevin Feige, borde rapportera direkt till ordföranden för The Walt Disney Studios, Alan Horn, så att alla Disneys filmegendomar, inklusive Pixar och Lucasfilm, var under en och samma ledningsstruktur. Omstruktureringen påstods bero på Feiges ”frustration” över att arbeta med Perlmutter samt på vissa påstådda kontroversiella kommentarer och åtgärder från Perlmutter, t.ex. att ersätta Terrence Howard som James Rhodes med Don Cheadle eftersom svarta människor ”ser likadana ut”. En person med kännedom om hans kreativa tillvägagångssätt sade: ”Ike Perlmutter varken diskriminerar eller bryr sig om mångfald, han bryr sig bara om vad han tror kommer att tjäna pengar.” Jeph Loeb, som övervakar Marvel Television och tv-egenskaperna i Marvel Cinematic Universe, rapporterade fortfarande till Perlmutter fram till 2019.