Ett tidigt exempel på ett hypogeum finns på den minoiska bronsåldersplatsen Knossos på Kreta. Hogan noterar att detta underjordiska valv var bikupaformat och utskuret i den mjuka berggrunden. Ħal Saflieni Hypogeum i Paola, Malta, är det äldsta exemplet på ett förhistoriskt hypogeum, och den tidigaste fasen dateras till 3600-3300 f.Kr. Det är ett komplex av underjordiska kammare, salar och passager som täcker cirka 500 m2 på tre nivåer, delvis snidad för att imitera tempelarkitektur och innehåller omfattande förhistorisk konst. I Larnaka på Cypern upptäcktes Lefkaritis grav 1999.
Hypogea hittades också i det dynastiska Egypten, t.ex. i den norra Mazghunapyramiden, den södra Mazghunapyramiden och den södra sydliga Saqqara-pyramiden. Hypogea i det antika Palmyra innehöll loculi som var stängda med plattor med skulpterade porträttreliefer och sarkofager med skulpterade familjebankettscener på locken.
De senare kristna byggde liknande underjordiska helgedomar, kryptor och gravar, som de kallade katakomber. Men detta var bara en skillnad i namn, snarare än i syfte och ritualer, och arkeologisk och historisk forskning visar att de i praktiken var likadana. Werner Jacobsen skrev:
Likt andra ambitiösa romare begravdes biskopshelgon från det tredje och fjärde århundradet vanligen i hypogea på kyrkogårdarna utanför sina städers murar; ofta var det bara mirakel vid deras gravar som fick deras efterföljare att anta modernare utformningar. I Dijon begravdes helgonet och biskopen Benignus (död ca 274) i en stor sarkofag i en kammargrav på den romerska kyrkogården. På 600-talet hade graven sedan länge förfallit och betraktades som hednisk, till och med av biskop Gregorius av Langres.