Henrys Lake-utloppet är föremål för betydande uttag från bevattningsavledningar under sommaren. När det svalare vädret minskar i slutet av säsongen släpps mer vatten ut i strömmen, vilket gör det möjligt för fisk att vandra upp från den nedre delen av floden. Naturskyddsföreningen sponsrar en lärandestation nära utloppsbäcken.
Söder om sjön vid Big Springs flödar nästan 1 900 m3 (500 000 US gallon) konstant 11 °C (52 °F) vatten ut i floden varje dag. Floden rinner söderut genom en högplatå i norra Fremont County, genom Caribou-Targhee National Forest och passerar Island Park Reservoir. Den kommer ut ur reservoaren och rinner genom en kanjon som mynnar ut i en bred, platt äng i Island Park Caldera i centrala Fremont County. Floden rinner långsamt förbi staden Island Park, genom Harriman State Park, även känd som ”Railroad Ranch”, för att sedan snabbt sjunka nedåt när den närmar sig calderaväggen, rinner över både Upper Mesa och Lower Mesa Falls och kommer ut från bergen på Snake River Plain nära Ashton. Den flyter åt sydväst över slätten, förbi St. Anthony och delar sig i flera kanaler till ett brett inlandsdelta norr om Rexburg. Den tar emot Teton River från öster ungefär 8,0 km väster om Rexburg. Den ansluter sig till Snake från nordost ungefär 16 km sydväst om Rexburg, strax under 1 463 m.
Island Park Reservoir, en del av Minidoka-projektet, används för bevattning i Snake River Plain. Dess avrinning ger ett av de viktigaste regnbågsöringsfiskeområdena i Idaho när det gäller livsmiljöer, fiskpopulationer och användning av sportfiskare. Den del av floden som ligger mellan Henry’s Lake och Big Springs är ett viktigt lekområde för öring och är stängd för fiske.
Henrys Fork har länge varit känd för sitt utmärkta fiske, särskilt torra flugfiske. Bing Lempke, en rörmontör från närliggande Idaho Falls, ansågs vara den lokala dekanen för fisket, tills han dog 1990.