1959 förvärvade William Morgan från Morgan Marine, en båtbyggare från Silver Bay vid Lake George i New York, namnet Hacker-Craft i syfte att återuppliva företagets historiska arv.
Morgan Marine gjorde betydande strukturella och tekniska ändringar. Användningen av ny teknik, som Hacker inte hade tillgång till, gjorde det möjligt att förbättra båtarna på några subtila men viktiga sätt. Där Hacker hade använt motorer på 110 hk (82 kW) kunde Morgan Marine driva dessa skrov med Crusader-motorer på 350 hk (260 kW) eller 454 hk (339 kW) som kunde överskrida 50 miles i timmen. För att få plats med dessa förbättrade motorer var Morgan Marine tvungen att göra stöden starkare än de som användes i de ursprungliga konstruktionerna. Morgans största bedrift var dock att förbättra hanteringen av Hacker Crafts. Om de gamla Hackers kördes i höga hastigheter kunde fören höja sig och skymma förarens sikt. Genom att omarbeta bottenkonstruktionen såg Morgan till att båten skulle förbli mer jämn i vattnet.
Vid den här tiden hade många av de ursprungliga jiggarna gått förlorade, och där det var nödvändigt gjorde de nya sandgjutningar för hårdvaran. Samtidigt som Morgan behöll det mesta av det traditionella hantverket gjorde han flera betydande förbättringar jämfört med de gamla planerna, som eftergifter till den tekniska utvecklingen: Dubbla avgassystem i stället för det ursprungliga enkla avgassystemet för att förbättra motorns prestanda, användning av beslag och hårdvara i rostfritt stål överallt så att hålbildning inte längre var ett problem, modern epoxyinkapsling och bindningsteknik, tredubbla plankbottnar som är helt inkapslade i epoxi; dubbelt plankade sidor och däck mättade i epoxi, 25 % fler ramar, dubbelt så många golvtimmer, upp till 18 lager lack, användning av mahogny från Honduras med förnybara resurser, ny förbättrad styrning för ökad manövrerbarhet och laminerade vindrutor med antingen blå eller gröna nyanser.
2004 köpte Robert Wagemann företaget av William Morgan. År 2008 förvärvade George Badcocks Erin Investments ett majoritetsintresse i företaget från Robert Wagemann. Därefter öppnade företaget en produktionsanläggning på 32 000 kvadratmeter i Ticonderoga och flyttade dit produktionen från Silver Bay för att öka kapaciteten. År 2011 fick Erin Investments fullständig äganderätt till företaget.
Inom den nya produktionsanläggningen uppgraderades företagets huvudkontor vid Lake George, där det också finns en marina med full service, med ett nytt utställningsrum som kan visa upp fyra båtar. Huvudkontorets kontor och alla lager- och servicebyggnader reparerades/renoverades. Campuset anlades och parkeringsområdena uppgraderades.
Under 2011 sågs Hacker-Craft i TV- och katalogfotograferingar för Marks & Spencer (Storbritannien), Tommy Hilfiger och Nautica.
Under 2011 valdes den specialdesignade Neiman Marcus Edition Hacker-Craft ut som ”fantasifull gåva” i den legendariska Neiman Marcus julbokskatalogen.
2012 resulterade ett samarbete med Tommy Bahama i en specialdesignad modell, Tommy Bahama Edition Hacker-Craft (TBE).
2015 introducerade företaget en limousine yachttender och utsåg Sierra Boat Company, vid Lake Tahoe i Nevada, och Wawasee Boat Company i Syracuse i Indiana till auktoriserade representanter.
2017 utsåg företaget det thailandsbaserade Classic Boats Lifestyle, Ltd. (CBL) som officiell lagerhållande återförsäljare.
Under 2019 dök en Hacker Craft-båt upp i ett avsnitt av säsong två av Netflix serie Ozark.