Dikten Flannan Isle citeras av Tom Baker som Doktorn i slutet av Doctor Who-historien Horror of Fang Rock, som utspelade sig i en fyr och innehöll en utomjordisk förklaring till den tragedi som drabbade de tre vakterna där och de överlevande från ett skeppsbrott.
För albumet Chansons des mers froides (Sånger från kalla hav) från 1994 anpassade den franske producenten Hector Zazou ett utdrag ur dikten Flannan Isle till en sång med titeln The Lighthouse. Huvudvokalen framfördes av Siouxsie Sioux från Siouxsie and the Banshees, och bakgrundsvokalen tillhandahölls av en kvinnlig Nanai-shaman.
Genesis-låten The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (på Archive 1967-75) är baserad på händelsen, liksom operan The Lighthouse av Peter Maxwell Davies.
Romanen Some Strange Scent of Death av Angela J. Elliott tar sitt namn från en rad i dikten och berättar om fyrvaktarnas försvinnande.
Huvudhistorien i videospelet Dark Fall II: Lights Out innehåller karaktärer och platser som är relaterade till händelsen.
2018 års skotska thrillerfilm The Vanishing utspelar sig på Flannan Isles.