Lagring av FFPE-vävnad
FFPE-prover kan lagras på sjukhus, biobanker och forskningscentra. Förvaringsanläggningar för ofta register över hur vävnaden samlades in, bevarandeförfarandena och demografisk information (t.ex. men inte begränsat till: ursprung, varaktighet, ålder, etnicitet, kön och sjukdomsstadium) om donatorn. Den demografiska informationen är en viktig faktor för forskning och kliniska prövningar. FFPE-prover som är korrekt bevarade är mycket värdefulla och kan förvaras i rumstemperatur under lång tid.
Användningar
FFPE-prover är viktiga eftersom de ofta används vid:
a) Immunohistokemi
De sektionerade FFPE-proverna monteras på ett objektglas, badas i en lösning som innehåller antikroppar och färgas sedan för att de ska kunna ses tydligare. Denna metod är viktig för läkare och forskare som letar efter patologi i vävnaden, t.ex. Alzheimers eller cancer.
b) Onkologi
FFPE-prover är viktiga inom onkologi eftersom tumörvävnader har karakteristiska morfologier som gör det möjligt för forskare att leta efter vissa proteiner. Dessa proteiner används sedan som hjälp vid bedömning av behandling och diagnos.
c) Hematologi
I studiet av blod och dess sjukdomar är FFPE-prover viktiga för att fastställa anomalier och upptäcka botemedel. Proverna kan användas i studier som rör vävnadsregenerering, genetik och toxikologi.
d) Immunologi
FFPE-prover från en donator med autoimmun sjukdom hjälper till att fastställa orsaken och utveckla terapi för tillståndet.
Komplikationer eller begränsningar
En av de möjliga begränsningarna av fixeringsprocessen med formalin är den potentiella denatureringen av de proteiner som finns i vävnaden, vilket gör dem omöjliga att upptäcka för antikroppar. För att kompensera för detta problem utvecklades antigenhämtningstekniker. Antigenåtervinningstekniken återvinner specifikt DNA, RNA och proteiner från FFPE-prover. För att denna metod ska fungera är kvaliteten på FFPE-proverna avgörande. Det finns också ett problem med att det inte finns något standardförfarande för den preanalytiska bearbetningen, t.ex. fixering och DNA-isolering. Detta innebär att mindre skillnader, t.ex. olika användning av instrument, provhantering och metodik, kan leda till variationer som påverkar DNA-kvaliteten och undersökningsresultaten. Några av de faktorer som har visat sig påverka undersökningsresultaten från FFPE-prover är följande:
-
Oförsiktig loggning av fixeringsprotokoll
-
Variation i fixeringstid
-
Temperatur under. fixering
-
Lagringsförhållanden för FFPE-prover
Kvalitetskontroll
För att säkerställa högsta kvalitet på FFPE-prover, bör de som samlar in och förvarar dessa prover:
-
Följa etiska och rättsliga normer.
-
Hålla ett tydligt och korrekt register över donatorer.
-
Ge information om provtagnings- och insamlingsprocessen
-
Var under överinseende av en legitimerad patolog under insamlingen av prover
-
Har en fullständig vårdkedja
-
Arbetar endast med ett noggrant utvalt nätverk av distributörer som alltid tillhandahåller högkvalitativa och korrekta prover
Färskfrysta vävnader
Färskfrysta vävnader är prover som bevaras med hjälp av flytande kväve genom en metod som kallas ”snabbfrysning”. Dessa prover förvaras sedan i en frys som är inställd på en temperatur på mindre än -80 grader Celsius. Färska frysta vävnader har andra användningsområden än FFPE-prover eftersom de även kan användas för studier av nativ morfologi eller molekylär analys.
FFPE-prover vs. färska frysta vävnader
FFPE och färska frysta vävnader har sina för- och nackdelar. De är två olika typer av prover som har olika användningsområden beroende på forskningens eller den kliniska studiens krav.
-
FFPE-block är mycket hårda och kan lätt förvaras i rumstemperatur i decennier utan behov av specialutrustning vilket gör att den typen av vävnadsprov är mycket kostnadseffektiv.
-
Det finns ett stort arkiv av FFPE-prover tillgängligt för forskare på grund av den lätthet som är förknippad med förvaringen av det.
-
FFPE-prover har använts i decennier vilket gör att patologer är otroligt förtrogna med den.
-
Färskfryst vävnad är mycket lämpligare för analys av nativa proteiner, polymeraskedjereaktion och nästa generations DNA-sekvensering.
-
Färskfryst vävnad säkerställer bevarandet av DNA, RNA och nativa proteiner.
-
Färskfrysta vävnader kräver specialiserad utrustning för lagring. Detta innebär att mekaniska fel, strömavbrott och slarv kan påverka kvaliteten på proverna.
1) Ward T. The importance of proper formalin fixation of FFPE samples. Personalis. Tillgänglig 2018-06-19. https://www.personalis.com/importance-proper-formalin-fixation-ffpe-specimens/
2) Doiron L. 5 regler för kvalitetskontroll för cancervävnadsbanker. Folio Conversant. Tillgänglig 2018-06-19. http://www.conversantbio.com/blog/bid/339034/5-Quality-Control-Rules-for-Cancer-Tissue-Banks
3) FFPE vs frysta vävnadsprover. BioChain. Tillgänglig 2018-06-19. https://www.biochain.com/general/ffpe-vs-frozen-tissue-samples/
4) Vad är FFPE-vävnad och vad används den till. BioChain. Accessed 6/19/2018. https://www.biochain.com/general/what-is-ffpe-tissue/