ApE är en egen sekvensredigerare som använder ett modifierat GenBank-format för att spara sekvenser. Programvaran kan användas för sammansättning av sekvenseringsspår, virtuella digestar, sekvensannotering och schematisk sekvensrepresentation. Den skapades och underhålls av Wayne Davis från University of Utah. Den nuvarande stabila versionen, i juni 2010, är 1.17 och programvaran körs på Windows, Mac och Unix. Programvaran är gratis men donationer uppmuntras.
Funktioner
OS, dataformat
- körs på Windows, OS X och Linux/Unix
- importerar DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL och ABI-sekvensspår
- Sparar data i ett modifierat Genbank-filformat (DNA Strider-kompatibelt)
- Exporterar BankIt-funktionstabell för inlämning av sekvenser till NCBI GenBank
- Exporterar grafiska filer med sekvensdiagram
Sekvensmarkering och -verktyg
- pre-Existerande expanderbara funktionstabeller som kan användas för automatisk annotering
- följdssökning, e.t.ex. efter primers, prober eller restriktionsplatser
- restriktionsplatser och regionmarkering i sekvensen och i en enkel teckning
- visar översättning, Tm, %GC, ORF för valt DNA
- BLAST vald sekvens på NCBI eller wormbase
- virtuell digest inklusive geldiagram
Författaren är mycket lyhörd och integrerade ett BankIt-exportalternativ, som jag föreslog, inom ett par dagar. –JS 05:50, 30 juni 2010 (EDT)
Det finns ett allvarligt fel som påverkar anpassningsfunktionen i de senaste versionerna av ApE (jag har stött på det i åtminstone 2.0.39 – 2.0.45, kan påverka alla 2.0.X-versioner?) som släppts under de senaste ~12 månaderna, inklusive den nuvarande versionen (2.0.45). I vissa fall där sekvenserna skiljer sig åt med ett enda baspar indel, är ApE:s utmatningsresultat felaktigt och de felmatchande resterna markeras inte i rött som förväntat. Detta kan göra det mycket lätt att missa små deletioner när du kontrollerar dina sekvenseringsdata mot den förväntade sekvensen. Detta bör korrigeras i den ännu inte släppta versionen 2.0.46. Se felrapport här (”Misalignment of sequences with indels (sometimes)”). Använd med försiktighet! –Damian Ekiert 12:19, 22 februari 2013 (EST). Den nuvarande versionen, v2.0.46, har inte detta problem, säger felrapport — JM 9/2013
Länkar till ApE:s hemsida
- ApE plasmid editor homepage & downloads
- ApE wiki för frågor, svar, önskemål om funktioner, felrapporter, etc.
- nedladdning av senaste förhandsversioner (alphas)
Se även
- ApE-recension på softpedia
- En OWW-tutorial som använder ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA-sekvensbearbetning
- Biosoftware för Mac
- Sekvensanalys
.