Hela det som nu är Allston var en del av Brighton. År 1807 skilde sig staden från Cambridge. Allston har aldrig existerat som en separat politisk enhet i sin egen rätt. Brighton annekterades till Boston år 1874. År 1868 inrättades ett nytt postkontor och en ny järnvägslinje i den västra delen av Brighton. De döptes till Allston, efter Allston Washington, en målare som hade bott och arbetat på andra sidan Charles River i Cambridgeport i Cambridge.
Allston blomstrade snabbt tack vare boskapsskötsel och byggandet av järnvägen. Ranchverksamheten upphörde dock i mitten av 1900-talet. Allston är känt som ett av de få samhällen i USA som är uppkallade efter en konstnär.
Boston Patriots (numera New England Patriots) i National Football League spelade en säsong i Allston (1970), på Harvard Stadium. Boston Braves spelade på Braves Field (nu Boston University Nickerson Field) från 1915 till 1952.