Jedną z właściwości enzymów, która sprawia, że są one tak ważne jako narzędzia diagnostyczne i badawcze jest specyficzność, którą wykazują w stosunku do reakcji, które katalizują. Kilka enzymów wykazuje absolutną specyficzność; to znaczy, że będą katalizować tylko jedną konkretną reakcję. Inne enzymy są specyficzne dla określonego typu wiązania chemicznego lub grupy funkcyjnej. Ogólnie rzecz biorąc, istnieją cztery różne rodzaje specyficzności:
- Swoistość bezwzględna – enzym będzie katalizował tylko jedną reakcję.
- Swoistość grupowa – enzym będzie działał tylko na cząsteczki, które mają określone grupy funkcjonalne, takie jak grupy aminowe, fosforanowe i metylowe.
- Swoistość wiązań – enzym będzie działał na określony typ wiązania chemicznego niezależnie od reszty struktury molekularnej.
- Stereochemiczna swoistość – enzym będzie działał na określony izomer steryczny lub optyczny.
Chociaż enzymy wykazują duże stopnie swoistości, kofaktory mogą służyć wielu apoenzymom. Na przykład, dinukleotyd nikotynamido-adeninowy (NAD) jest koenzymem dla dużej liczby reakcji dehydrogenaz, w których działa jako akceptor wodoru. Wśród nich są reakcje dehydrogenazy alkoholowej, dehydrogenazy jabłczanowej i dehydrogenazy mleczanowej.