The Ramachandran plot and structure quality
Wyższa rozdzielczość danych rentgenowskich zwykle daje wyższą jakość struktury trójwymiarowej. Z wykresów łatwo zauważyć, że niektóre regiony zawierają o wiele więcej kropek niż inne. Są to tzw. dozwolone regiony, a odpowiadające im kąty są nazywane dozwolonymi lub korzystnymi kątami (czerwone i brązowe regiony). Inne regiony są mniej korzystne i są słabo zaludnione w strukturach dobrej jakości (kolor żółty). Jest to wynikiem przeszkody sterycznej – pewne obroty wokół łańcucha polipeptydowego spowodują, że atomy znajdą się zbyt blisko siebie, tworząc odpychanie steryczne. Z tego powodu wykres Ramachandrana służy jako ważny wskaźnik jakości struktur trójwymiarowych – oczekuje się, że struktura dobrej jakości będzie miała wszystkie swoje kąty skręcenia w dozwolonych regionach wykresu (obraz po prawej).
Niekiedy jednak możemy znaleźć aminokwasy o „niewłaściwych” kątach skręcania z ważnego powodu – naprężenia (wysoka energia) tworzone w strukturze przez niektóre reszty w obrębie niekorzystnych kątów mogą być wykorzystywane przez białko do pewnych celów i mogą mieć znaczenie funkcjonalne (Pal i Chakrabarti, 2002). Innym wyjątkiem od zasady grupowania wokół regionów α- i β- jest glicyna. Gly nie posiada łańcucha bocznego, co pozwala na dużą elastyczność łańcucha polipeptydowego, udostępniając zakazane w innych przypadkach kąty rotacji. Dlatego też glicyna często występuje w rejonach pętli, gdzie łańcuch polipeptydowy musi wykonać ostry skręt. Jak wspomniano powyżej, prolina w przeciwieństwie do glicyny ustala kąty skręcania na pewnej wartości, bardzo zbliżonej do tej, jaką ma wydłużona nić β.
Teoretycznie, średnie wartości phi i psi dla α-helikali i β-szkieletów są skupione odpowiednio wokół -57, -47 i -80, +150. Jednakże, dla rzeczywistych struktur eksperymentalnych wartości te okazały się być inne. W pracy Hovmöller et al., 2002, download pdf, przedstawiona jest szczegółowa dyskusja drobnoziarnistej struktury rozkładu kątów φ- i ψ- w wykresie Ramachandrana (jeśli na stronie pojawi się prośba o zalogowanie, wystarczy anulować i nadal będzie działać).