W eukariotycznej transkrypcji mRNA, sygnały terminatora są rozpoznawane przez czynniki białkowe, które są związane z polimerazą RNA II i które uruchamiają proces terminacji. Po transkrypcji sygnałów poli-A do mRNA, białka CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor) i CstF (cleavage stimulation factor) przenoszą się z karboksylowej domeny terminalnej polimerazy RNA II do sygnału poli-A. Te dwa czynniki następnie rekrutują inne białka do tego miejsca, aby rozszczepić transkrypt, uwalniając mRNA od kompleksu transkrypcyjnego, i dodać ciąg około 200 powtórzeń A do 3′ końca mRNA w procesie znanym jako poliadenylacja. Podczas tych etapów przetwarzania, polimeraza RNA kontynuuje transkrypcję przez kilkaset do kilku tysięcy zasad i ostatecznie odłącza się od DNA i transkryptu poprzez niejasny mechanizm; istnieją dwa podstawowe modele tego zdarzenia znane jako model torpedowy i allosteryczny.
Model torpedowyEdit
Po zakończeniu mRNA i rozszczepieniu go przy sekwencji sygnałowej poli-A, pozostała (resztkowa) nić RNA pozostaje związana z szablonem DNA i jednostką polimerazy RNA II, kontynuując transkrypcję. Po tym rozszczepieniu, tak zwana egzonukleaza wiąże się do resztkowej nici RNA i usuwa świeżo przepisane nukleotydy jeden po drugim (nazywane również „degradacją” RNA), przesuwając się w kierunku związanej polimerazy RNA II. U ludzi tą egzonukleazą jest XRN2 (5′-3′ egzoribonukleaza 2). Model ten proponuje, aby XRN2 degradowała nienakryte resztki RNA od 5′ do 3′, aż dotrze do jednostki RNA pol II. Powoduje to, że egzonukleaza „odpycha” jednostkę RNA pol II, gdy przechodzi obok niej, kończąc transkrypcję, a jednocześnie oczyszczając resztkową nić RNA.
Podobnie do terminacji zależnej od Rho, XRN2 wyzwala dysocjację polimerazy RNA II przez albo odpychanie polimerazy od szablonu DNA, albo wyciąganie szablonu z polimerazy RNA. Mechanizm, dzięki któremu to się dzieje, pozostaje niejasny, jednak i został zakwestionowany, aby nie być jedyną przyczyną dysocjacji.
W celu ochrony transkrybowanego mRNA przed degradacją przez egzonukleazę, do nici dodawana jest czapeczka 5′. Jest to zmodyfikowana guanina dodawana na początku mRNA, która zapobiega wiązaniu się egzonukleazy i degradacji nici RNA. 3′ ogon poli(A) jest dodawany do końca nici mRNA dla ochrony przed innymi egzonukleazami, jak również.
Model allosterycznyEdit
Model allosteryczny sugeruje, że terminacja występuje z powodu zmiany strukturalnej jednostki polimerazy RNA po związaniu się z lub utraty niektórych z jego białek stowarzyszonych, dzięki czemu odrywa się od nici DNA po sygnale. Nastąpiłoby to po RNA pol II jednostki transkrypcji sekwencji sygnałowej poli-A, który działa jako sygnał terminatora.
RNA polimeraza jest normalnie zdolny do transkrypcji DNA do jednoniciowego mRNA skutecznie. Jednakże, po transkrypcji przez sygnały poli-A na szablonie DNA, zmiana konformacyjna jest indukowana w polimerazie RNA z proponowanej utraty białek towarzyszących z jej karboksylowej domeny końcowej. Ta zmiana konformacji zmniejsza procesywność polimerazy RNA, czyniąc enzym bardziej podatnym na odłączenie się od substratu DNA-RNA. W tym przypadku, zakończenie nie jest zakończona przez degradację mRNA, ale zamiast tego jest pośredniczył przez ograniczenie wydajności elongacji polimerazy RNA, a tym samym zwiększenie prawdopodobieństwa, że polimeraza będzie dysocjacji i zakończyć swój obecny cykl transkrypcji.
.