Założona 31 marca 1782 roku, Misja San Buenaventura jest dziewiątą w łańcuchu misyjnym, ostatnią, która została założona za życia Ojca Serry i jedną z sześciu, które osobiście poświęcił. Misja została zbudowana jako część sekcji Santa Barbara Channel, która obejmowała misje w Santa Barbara i La Purísima, oraz El Presidio w Santa Barbara.
Ojcowie, którzy mieli już trzy misje na północy i trzy w południowej części Kalifornii, obawiali się indiańskiego buntu w środkowej części stanu. Uważali, że rewolta indiańska mogłaby być niszczycielska, z powodu ukształtowania terenu tego obszaru. Góry w strefie kanału Santa Barbara łagodnie opadają w dół ku oceanowi, pozostawiając niewiele miejsca na przejście. Misjonarze obawiali się, że wściekli Indianie mogliby łatwo podzielić stan, ograniczając Hiszpanów do komunikacji drogą morską. Rewolta nigdy nie nastąpiła, a Mission San Buenaventura kontynuowała działalność jako duży producent rolny.
Indianie z tego obszaru byli Chumash, którzy obejmowali obszar od Ventura na północ do San Luis Obispo. Chumasze byli najbardziej zaawansowani ze wszystkich plemion misyjnych. Używając kanoe, takich jak ta replika kanoe z desek, Chumash często podróżowali na Wyspy Santa Barbara Channel, do 65 mil od lądu. Chumash wyróżniali się w wyplataniu koszy, co było miarą często używaną przez Hiszpanów do oceny inteligencji indiańskiego plemienia. Indianie używali koszy do gotowania, łapania ryb i noszenia wody.
Pod kierunkiem Padre Cambon, tubylcy zbudowali siedmiomilowy akwedukt, który doprowadził wodę z rzeki Ventura do tego budynku filtrującego wodę. Został on odpowiednio nazwany el caballo, co oznacza „koń” w języku hiszpańskim, ponieważ mówiono, że wylewka przypominała głowę konia. El caballo później zainspirował terror i pogardę, kiedy został przekształcony w więzienie.
Unikalne dla Mission San Buenaventura są te drewniane dzwony. Były one używane w Wielkim Tygodniu, pomiędzy Niedzielą Palmową a Wielkanocą, podczas gdy metalowe dzwony milczały. Chociaż są to z pewnością oryginały, ich pochodzenie jest tajemnicą.
Po serii trzęsień ziemi i towarzyszącej im fali pływowej w 1812 roku, kościół został pięknie odrestaurowany; zawiera 400-letni krucyfiks z Filipin. W centrum nad tabernakulum znajduje się św. Bonawentura, patron misji. W kościele znajduje się również sanktuarium Nuestra Señora de Guadalupe.
.