W latach 1512-1516 artyści Niclaus z Haguenau (część rzeźbiarska) i Grünewald (panele malarskie) stworzyli ten słynny ołtarz dla kompleksu klasztornego zakonu Antonitów w Isenheim, miejscowości położonej około 15 mil na południe od Colmar. Ten poliptyk, który zdobił ołtarz główny klasztornej kaplicy szpitalnej aż do rewolucji francuskiej, został zamówiony przez Guy Guersa, który pełnił funkcję preceptora tej instytucji od 1490 do 1516 r.
Założony około 1300 r. klasztor w Isenheim należał do zakonu Antonitów, który został założony w regionie Dauphiné we Francji w XI wieku. Mnisi z zakonu antonitów opiekowali się ofiarami pożaru świętego Antoniego, strasznej choroby, która była powszechna w średniowieczu. Obecnie wiadomo, że przyczyną tego nieszczęścia było zatrucie grzybem (sporyszem), który rozwija się na trawie żytniej i zanieczyszcza mąkę żytnią używaną do wypieku chleba. Sporysz zawiera substancję chemiczną, która doprowadza ofiary do obłędu i powoduje gangrenę dłoni i stóp z powodu zwężenia dopływu krwi do kończyn. Aby zadbać o chorych, antonici podawali im dobrej jakości chleb i kazali pić miksturę zwaną saint vinage, czyli święte wino wzmocnione, w którym mnisi najpierw macerowali specjalną mieszankę ziół, a następnie moczyli relikwie świętego Antoniego. Antoniego. Z ziół o właściwościach przeciwzapalnych wytwarzali również maść.
Małymi krokami mnisi z Isenheim zdobyli bogatą kolekcję dzieł sztuki, które zostały zamówione i sfinansowane przez klasztor, a jednym z nich był właśnie ten ołtarz. Przechowywany w tej instytucji zakonnej do czasów rewolucji, został w 1792 roku przekazany na przechowanie do miejscowej filii francuskiej biblioteki narodowej. W 1852 r. zostało przeniesione do kaplicy dawnego klasztoru dominikanów, znanego jako Unterlinden w Colmar, stając się głównym skarbem powstającego wówczas muzeum, które od tego czasu nigdy nie przestało zachwycać i oczarowywać zwiedzających.