Związek pomiędzy migreną a czynnościowymi zaburzeniami przewodu pokarmowego został potwierdzony w wielu obserwacjach klinicznych i badaniach epidemiologicznych. U większości pacjentów podczas napadów migreny, oprócz różnych objawów neurologicznych i naczyniowych, występują zaburzenia ze strony przewodu pokarmowego, w tym nudności, wymioty, bóle brzucha czy biegunka. Zaburzenia czynnościowe przewodu pokarmowego, takie jak zespół jelita drażliwego (irritable bowel syndrome – IBS), są opisywane u chorych na migrenę również w okresach między napadami. Z drugiej strony 23-53% pacjentów z IBS ma częste bóle głowy. Migrena i IBS często współistnieją z fibromialgią i innymi przewlekłymi zespołami bólowymi oraz zaburzeniami czynnościowymi. Migrena i IBS dotykają około 10-20% populacji ogólnej, zwykle młodych dorosłych. Obie choroby występują częściej u kobiet, być może ze względu na rolę estrogenów w ich patogenezie. W poszukiwaniu wspólnych mechanizmów patogenetycznych IBS i migreny rozważa się rolę osi mózgowo-jelitowej, interakcji neuroimmunologicznych i neuroendokrynnych. Wpływ stresu na występowanie i nasilenie objawów wydaje się być związany z nadaktywnością osi podwzgórze-przysadka-nadnercza. Jelitowy układ nerwowy jako źródło licznych neuroprzekaźników i odruchów trzewnych jest prawdopodobnym wspólnym ogniwem patogenetycznym pomiędzy IBS i migreną. W szczególności serotonina, będąca głównym neuroprzekaźnikiem przewodu pokarmowego, odgrywa istotną rolę zarówno w patogenezie IBS, jak i migreny. Obecnie agoniści i antagoniści receptorów serotoninergicznych są najskuteczniejszymi lekami w terapii IBS i migreny. Niektóre działania niepożądane triptanów, agonistów 5-HT(1B/D), stosowanych w leczeniu migreny mogą być związane z wpływem triptanów na funkcje przewodu pokarmowego. Lepsze zrozumienie zależności między migreną a IBS może zaowocować skuteczniejszym leczeniem obu chorób.