Zilustrowany na Rysunku 2(a) profil emisji fluorescencji przy użyciu bloku filtrów DAPI-FITC i hodowli komórek fibroblastów ze skóry jelenia indyjskiego Muntjac wybarwionych za pomocą Alexa Fluor 488 sprzężonego z faloidyną, która wiąże się z wewnątrzkomórkową filamentową siecią aktynową. Maksimum absorpcji światła widzialnego dla Alexa Fluor 488 wynosi 495 nanometrów, a maksimum emisji występuje przy 519 nanometrach w zielonym obszarze widma. Dodatkowo próbkę wybarwiono jednocześnie DAPI (ukierunkowanie na DNA w jądrze komórkowym; wzbudzenie przy 358 nanometrach i emisja przy 461 nanometrach) i MitoTracker Red CMXRos (ukierunkowanie na mitochondria; emisja czerwona). Należy zwrócić uwagę na brak sygnału z czerwonego fluoroforu (MitoTracker), ale na obecność jasnozielonej fluorescencji wykazywanej przez filamenty aktyny i nieco mniej intensywny niebieski sygnał z DAPI w jądrze komórkowym.
Cienki przekrój jelita myszy wybarwiony aglutyniną z kiełków pszenicy Alexa Fluor 350, niebieską fluorescencyjną lektyną, która jest specyficzna dla śluzu komórek zarodkowych, jest przedstawiony na Rysunku 2(b). Dodatkowo, próbka była jednocześnie barwiona falloidyną Alexa Fluor 568 (aktyna filamentowa; emisja 600 nanometrów) i SYTOX Green (jądra; wzbudzenie 504 nanometrów i emisja 523 nanometrów). Należy zwrócić uwagę na niski poziom sygnału pochodzący od niebieskiego fluoroforu (Alexa Fluor 350), ale jasnozieloną fluorescencję jąder w próbce tkanki dzięki fluorescencji SYTOX Green. Ta kombinacja podwójnych filtrów wzbudzających skutecznie eliminuje sygnał z czerwonej sondy (Alexa Fluor 568).
Rysunek 2(c) przedstawia intensywność emisji fluorescencji z hodowli komórek nabłonkowych szczura kangura (PtK2), które były znakowane immunofluorescencyjnie pierwotnymi mysimi przeciwciałami monoklonalnymi przeciwko alfa-tubulinie bydlęcej, a następnie kozimi anty-mysimi fragmentami Fab sprzężonymi z Alexa Fluor 488. Dodatkowo próbka była znakowana Hoechstem 33258, który selektywnie wiąże się z DNA w jądrze komórkowym, oraz MitoTracker Red CMXRos (ukierunkowany na mitochondria; czerwona fluorescencja). Należy zwrócić uwagę na wyraźne zielone wybarwienie wewnątrzkomórkowej sieci mikrotubul, która rozciąga się w całej cytoplazmie, oraz niebieską emisję Hoechst 33258 związanego z DNA w jądrze. Komórka w dolnej części obrazu wydaje się być w trakcie mitozy w stanie prometafazy lub metafazy.
Komórki myszy szwajcarskiej (linia 3T3) znakowane immunofluorescencyjnie za pomocą pierwotnych mysich przeciwciał monoklonalnych przeciwko oksydazie cytochromowej, a następnie kozich anty-mysich fragmentów Fab sprzężonych z Alexa Fluor 568 są przedstawione na rysunku 2(d). Próbka była również znakowana kilkoma dodatkowymi sondami, w tym lektyną Helix pomatia agglutininin (HPA) sprzężoną z Alexa Fluor 488 (emisja zielona), która selektywnie wiąże się z glikoproteinami w aparacie Golgiego w tej linii komórkowej. Cytoszkieletowe filamenty aktynowe barwiono Alexa Fluor 680 (czerwone wzbudzenie; emisja w bliskiej podczerwieni), a jądrowe DNA znakowano DAPI (niebieska emisja). Należy zwrócić uwagę na wyraźne zielone wybarwienie aparatu Golgiego i niebieską intensywność fluorescencji obserwowaną w jądrach.
Emisję fluorescencji z cienkiego wycinka nerki myszy wybarwionego wieloma (3) fluoroforami przedstawiono na rycinie 2(e). Jądra w przekroju tkanki zostały ukierunkowane za pomocą sondy kwasu nukleinowego DAPI, która ma maksimum wzbudzenia przy 358 nanometrach i maksimum emisji przy 461 nanometrach, gdy jest związana z DNA w hodowlach komórkowych i przekrojach tkanek. Dodatkowo, sekcja kriostatyczna została również jednocześnie wybarwiona aglutyniną z zarodków pszenicy Alexa Fluor 488 (kłębuszki i kanaliki zlewne) i falloidyną Alexa Fluor 568 (aktyna filamentowa i granica szczoteczkowa). Należy zwrócić uwagę na obecność sygnału z obu niebieskich (DAPI) i zielonych (Alexa Fluor 488) sond, ale brak pomarańczowo-czerwonej fluorescencji spowodowanej koniugatami Alexa Fluor 568 w sieci aktyny i granicy szczoteczek.
Emisja autofluorescencji z cienkiego przekroju jądra kukurydzy (Zea mays) jest zademonstrowana na Rysunku 2(f). Endogenna autofluorescencja w tkankach roślinnych pochodzi z różnych biomolekuł, w tym chlorofilu, karotenu i ksantofilu. W ultrafioletowym i niebieskim obszarze wzbudzenia, chlorofil posiada pasmo absorpcji o wysokim współczynniku ekstynkcji i wytwarza znaczną ilość fluorescencji, gdy jest wzbudzany falami o długości od 350 do 500 nanometrów. W przypadku tkanki jądra kukurydzy przedstawionej powyżej należy zauważyć obecność intensywności emisji autofluorescencji w niebieskich i zielonych obszarach spektralnych, co jest charakterystyczne dla kombinacji filtrów fluorescencyjnych DAPI-FITC firmy Nikon.
.