W marcu 2004 r. cztery podgatunki lisa wyspowego zostały sklasyfikowane jako federalnie chroniony gatunek zagrożony: lis wyspowy Santa Cruz, lis wyspowy Santa Rosa, lis wyspowy San Miguel i lis wyspowy Santa Catalina. Od 2013 roku IUCN wymienia cały gatunek jako bliski zagrożenia, co stanowi poprawę w stosunku do poprzedniego statusu „krytycznie zagrożony”. Spadek populacji lisów wyspowych został zidentyfikowany w latach 90-tych. Na wyspie San Miguel, spadek rozpoczął się w 1994 roku, a populacja zmniejszyła się z 450 osobników dorosłych do 15 w 1999 roku. Podobne spadki populacji stwierdzono na wyspie Santa Cruz. Na wyspie Santa Cruz populacja zmniejszyła się z 2.000 osobników dorosłych w 1994 r. do mniej niż 135 w 2000 r. oraz na wyspie Santa Rosa, gdzie liczba lisów mogła przekroczyć 1.500 w 1994 r., ale do 2000 r. zmniejszyła się do 14 osobników. W 2004 r. było 38 San Miguel wyspa lisy, wszystkie w niewoli; 46 lisów w niewoli na wyspie Santa Rosa i siedem w środowisku naturalnym (orzeł przedni drapieżnik uniemożliwił uwolnienie lisów w niewoli do środowiska naturalnego); Santa Cruz Island miał 25 lisów w niewoli i stabilnej dzikiej populacji około 100 lisów.
Golden Eagle drapieżnictwo, odkryte, gdy lisy były radio-kolorowane i monitorowane, okazały się być przyczyną wysokich wskaźników śmiertelności. Według danych zebranych przez dr Lyndal Laughrin z Uniwersytetu Kalifornijskiego Santa Cruz Island Reserve, orzeł przed rokiem 1990 był nieczęstym gościem na Wyspach Normandzkich, a pierwsze gniazdo orła przedniego zostało zarejestrowane na Wyspie Santa Cruz w 1999 roku. Biolodzy twierdzą, że orzeł mógł zostać przyciągnięty na wyspy w latach 60-tych po spadku liczebności orła przedniego. Orzeł przedni zastąpił orła przedniego i zaczął żywić się dzikimi świniami po wyniszczeniu lokalnej populacji orła przedniego z powodu narażenia na DDT w latach 50. Orzeł przedni powstrzymałby orła przed osiedleniem się na wyspach, podczas gdy on żywił się rybami.
Dziki na Santa Rosa zostały wytępione przez Służbę Parku Narodowego na początku lat 90. Orzeł przedni zaczął wtedy żerować na populacji lisów na wyspie. Zdziczałe świnie na Wyspie Santa Cruz oraz jelenie i łosie na Wyspie Santa Rosa zostały wprowadzone prawie 70 lat przed spadkiem populacji lisa wyspowego, dlatego orzeł przedni najprawdopodobniej nie szukał tych zwierząt jako alternatywnych ofiar. Stało się to najprawdopodobniej w wyniku procesu znanego jako pozorna konkurencja: w tym procesie drapieżnik, taki jak orzeł przedni, żywi się co najmniej dwoma ofiarami, na przykład lisem wyspowym i dzikami. Jedna z ofiar jest przystosowana do wysokiej presji drapieżniczej i wspiera populację drapieżnika (np. świnie), podczas gdy druga ofiara (np. lis wyspowy) jest słabo przystosowana do drapieżnictwa i maleje w wyniku presji drapieżniczej. Zaproponowano również, że całkowite usunięcie orłów przednich może być jedynym działaniem, które może uchronić trzy podgatunki lisa wyspiarskiego przed wyginięciem. Jednakże, świnie na wyspie Santa Cruz zostały zabite przez Nature Conservancy na pomysł, że przyciągnęły orły do lisów.
Wprowadzone choroby lub pasożyty mogą zniszczyć populacje lisa wyspiarskiego. Ponieważ lis wyspa jest odizolowany, to nie ma odporności na pasożyty i choroby przywiezione z kontynentu i są szczególnie podatne na te, które pies domowy może przenosić. Epidemia nosówki psów w 1998 roku zabiła około 90% lisów na wyspie Santa Catalina, redukując populację z 1300 do 103 w 2000 roku. Rozpoczęto program szczepień w celu ochrony lisów z wyspy Santa Catalina przed nosówką psów. Po kilku latach starannego odławiania lisów i szczepienia ich przeciwko nosówce i wściekliźnie, ich populacja osiągnęła 1717 sztuk w 2015 roku, przewyższając populację sprzed choroby, wynoszącą około 1300 sztuk. Naukowcy uważają, że wirus nosówki został wprowadzony przez psa domowego lub szopa pracza z kontynentu, który załapał się na przejażdżkę łodzią lub barką. Aby wyeliminować ryzyko choroby, zwierzęta domowe nie są dozwolone w Channel Islands National Park.
Zmniejszona podaż żywności i ogólna degradacja siedliska z powodu wprowadzonych gatunków ssaków, w tym dzikich kotów, świń, owiec, kóz i żubrów amerykańskich, z których ostatni został wprowadzony na wyspę Catalina w latach 20-tych XX wieku przez hollywoodzką ekipę filmową kręcącą western, również ma negatywny wpływ na populacje lisów.
Lisy zagrażają populacji poważnie zagrożonej San Clemente Island loggerhead shrike w rezydencji na San Clemente Island. Populacja lisa na wyspie została negatywnie dotknięta przez odławianie i usuwanie lub eutanazję lisów przez Marynarkę Wojenną Stanów Zjednoczonych. Od 2000 roku Marynarka Wojenna stosuje różne strategie zarządzania: odławianie i przetrzymywanie lisów podczas sezonu lęgowego gąsiorka, instalacja systemu ogrodzeń elektrycznych wokół siedlisk gąsiorka oraz stosowanie systemów obroży wstrząsowych. Ze stopniowego odzyskiwania populacji gąsiorka na wyspie San Clemente, Marynarka Wojenna nie kontroluje już lisy.
Populacje Santa Cruz wyspa lisy, San Miguel wyspa lisy, i Santa Rosa wyspa lisy dramatycznie odbił się od niskich w 2000 roku 70 dla Santa Cruz lisy i 15 każdy na San Miguel i Santa Rosa Islands. The Catalina Island Conservancy prowadzi program hodowli w niewoli na wyspie Catalina. W dniu 14 września 2012 r. US Fish and Wildlife Service wydała projekt planu odbudowy dla lisa z wyspy San Miguel, lisa z wyspy Santa Rosa, lisa z wyspy Santa Cruz i lisa z wyspy Santa Catalina. Do 2012 r. Catalina Island Conservancy ustalił, że było 1.500 Santa Catalina wyspa lisy i populacja była stabilna. W 2015 roku, było 520 rodzimych lisów na San Miguel i 874 na Santa Rosa, według grupy Friends of the Island Fox. Liczba lisów na wyspie Santa Cruz wzrosła do 1750. US Fish and Wildlife Service zalecił delisting Santa Cruz, San Miguel i Santa Rosa lisy wyspiarskie w dużym sukcesem Endangered Species Act. Jednak zalecają one, że Santa Catalina wyspa być przeklasyfikowane z zagrożonych do zagrożonych, ze względu na zagrożenie chorobami na tej silnie odwiedzanych island.
Dwa inne podgatunki na San Nicolas i San Clemente nie są zagrożone. Było 263 lisy na San Nicolas i 1,230 na San Clemente.
Ponieważ Channel Islands są prawie w całości własnością i są kontrolowane przez albo Catalina Island Conservancy, The Nature Conservancy, lub rząd federalny, lis ma szansę otrzymać ochronę, której potrzebuje, w tym stały nadzór przez zainteresowanych urzędników bez ciągłego zagrożenia ludzkiego wkraczania na jego siedlisko.
Lis nie przetrwał na wyspie Anacapa, ponieważ nie ma wiarygodnego źródła świeżej wody; Wyspa Santa Barbara jest zbyt mała, aby wspierać potrzeby żywnościowe populacji lisa.
Rene Vellanoweth, archeolog, uważa, że depresja wsobna może być zarządzana przez mieszanie różnych populacji podgatunków lisa wyspiarskiego, tak jak robili to rdzenni mieszkańcy, przenosząc je z wyspy na wyspę, tworząc większą różnorodność genetyczną i pomagając im w odzyskiwaniu.
Rene Vellanoweth, archeolog, uważa, że depresja wsobna może być zarządzana przez mieszanie różnych podgatunków lisa wyspiarskiego, tak jak robili to rdzenni mieszkańcy, przenosząc je z wyspy na wyspę, tworząc większą różnorodność genetyczną i pomagając im w odzyskiwaniu.