Biskup pomocniczy DenverEdit
W dniu 23 stycznia 2001 roku, papież Jan Paweł II mianował Gómeza biskupem pomocniczym archidiecezji Denver i biskupem tytularnym Belali. Konsekrację biskupią otrzymał 26 marca z rąk arcybiskupa Charlesa J. Chaputa, O.F.M. Cap., z biskupami Josephem Fiorenzą i Javierem Echevarría Rodríguezem jako współkonsekratorami. Jako swoją dewizę biskupią wybrał „Adeamus cum fiducia ad thronum gratiae”, co oznacza „Z ufnością zbliżmy się do tronu łaski” (Hbr 4,16). Był pierwszym numerarnym członkiem Opus Dei, który został wyświęcony na biskupa w Stanach Zjednoczonych. Jako biskup nie jest już członkiem tej organizacji, ponieważ podlega papieżowi, a więc nie odpowiada przed prałatem odpowiedzialnym za Opus Dei. Gomez powiedział, że nie jest „członkiem” Opus Dei, ale raczej, że został wyświęcony na księdza w Opus Dei i że jego duchowość odzwierciedla to pochodzenie.
Gómez służył jako rektor Katedry Niepokalanego Poczęcia w Denver od 2001 do 2003 roku. Następnie pełnił funkcję zarówno moderatora kurii, jak i pastora kościoła Matki Bożej.
Arcybiskup San AntonioEdit
Gómez został mianowany arcybiskupem San Antonio 29 grudnia 2004 roku. W 2005 roku został uznany za jednego z 25 najbardziej wpływowych Latynosów w Stanach Zjednoczonych przez Time’a, a w 2007 roku znalazł się na liście „Notable Hispanics” CNN w specjalnym programie internetowym z okazji Hispanic Heritage Month. W 2006 roku, Arcybiskup Gomez oficjalnie wprowadził The Catholic Community Foundation dla Kościoła Rzymsko-Katolickiego Archidiecezji San Antonio. W 2007 roku odegrał kluczową rolę w zebraniu latynoskich liderów i biskupów katolickich w celu utworzenia Katolickiego Stowarzyszenia Liderów Latynoskich (CALL).
Podczas swojej kadencji w San Antonio, Gomez zyskał reputację ortodoksyjnego przywódcy, który odwrócił niektóre z bardziej liberalnych inicjatyw w diecezji. Rozwiązał Komisję Sprawiedliwości i Pokoju przy prezbiterium po tym, jak jej członkowie wyrazili swój sprzeciw wobec jego poparcia dla stanowej poprawki do konstytucji, która zabraniała małżeństw osób tej samej płci. Podczas wyborów prezydenckich w 2008 roku, publicznie wyraził zaniepokojenie, gdy Uniwersytet St. Mary’s, najstarszy katolicki uniwersytet w Teksasie, zezwolił proaborcyjnej kandydatce Hillary Clinton na zorganizowanie imprezy kampanijnej na terenie kampusu. Wyraził również zaniepokojenie, gdy inny katolicki uniwersytet, Our Lady of the Lake University, pozwolił na to, by głośna zakonnica, która według niektórych popiera ordynację kobiet, była głównym mówcą podczas imprezy. Z zadowoleniem przyjął Summorum Pontificum, które przyznało większą swobodę Mszy trydenckiej, mówiąc, że zachowa to „bogate dziedzictwo i spuściznę Kościoła”.
Jest członkiem Papieskiej Komisji ds. Ameryki Łacińskiej w Kurii Rzymskiej i Rady Powierniczej Katolickiego Uniwersytetu Ameryki. Jako członek Konferencji Biskupów Katolickich Stanów Zjednoczonych jest przewodniczącym Podkomisji ds. Kościoła w Ameryce Łacińskiej; w ramach tej ostatniej funkcji przewodniczył delegacji trzech biskupów na Haiti w celu oceny sytuacji po trzęsieniu ziemi w 2010 roku. Jest również przewodniczącym-elektem Komisji ds. Migracji, przewodniczącym Grupy Roboczej ds. Biblii Hiszpańskojęzycznej i członkiem Komisji Doktrynalnej.
Arcybiskup Los AngelesEdit
W dniu 6 kwietnia 2010 roku Gómez został mianowany przez papieża Benedykta XVI arcybiskupem koadiutorem archidiecezji Los Angeles. Archidiecezja Los Angeles jest największą katolicką diecezją w kraju, z Latynosami stanowiącymi ponad dwie trzecie z pięciu milionów katolików w archidiecezji. Gómez zastąpił kardynała Mahony’ego 1 marca 2011 roku, a ceremonia przekazania obowiązków odbyła się 27 lutego 2011 roku. Jest on pierwszym Latynosem na stanowisku arcybiskupa Los Angeles, a także najwyższym rangą biskupem latynoskim w Stanach Zjednoczonych. Powiedział on: „Jestem bardzo wdzięczny Ojcu Świętemu za to, że dał mi tę możliwość służenia Kościołowi z takim mentorem i przywódcą jak kardynał Roger Mahony. Jestem wdzięczny nuncjuszowi apostolskiemu, arcybiskupowi Pietro Sambi, za poparcie zaufania, jakim obdarzył mnie Ojciec Święty. Będę starał się ze wszystkich sił zasłużyć na to zaufanie.”
Uważany za konserwatystę teologicznego, Gómez jest również postrzegany jako „naturalny pojednawca podziwiany za jednoczenie bogatych i biednych oraz katolików anglo- i hispanojęzycznych”. Uważa się go za bardziej konserwatywnego niż jego poprzednik, kardynał Mahony. Odnosząc się do tego przekonania, Mahony powiedział jednak, że „te etykietki 'konserwatysty’ i 'liberała’ są naprawdę nieużyteczne w życiu Kościoła” i „mogę zaświadczyć, że obaj dzielimy wspólne oddanie Chrystusowi i Kościołowi, i że obaj jesteśmy zainteresowani promowaniem nauk Kościoła w pełni, jak również wnoszeniem słów i przykładu Chrystusa do dzisiejszego społeczeństwa i świata.” Gomez powiedział również, że byłoby błędem dla obserwatorów wnioskować, że jest konserwatystą, ponieważ był księdzem Opus Dei.
W dniu 18 września 2012 roku, papież Benedykt XVI mianował arcybiskupa Gómeza jednym z Ojców Synodalnych na XIII Zwyczajne Zgromadzenie Ogólne Synodu Biskupów na temat Nowej Ewangelizacji w październiku 2012 roku.
W dniu 31 stycznia 2013 roku Gomez oświadczył, że Kardynał Roger Mahony, Arcybiskup Emerytowany, „nie będzie już pełnił żadnych obowiązków administracyjnych lub publicznych” dla Archidiecezji Los Angeles. Ogłoszenie przyszło, gdy Gomez ujawnił swoje akta związane z seksualnym wykorzystywaniem duchownych. Powiedział on: „Uważam te pliki za brutalną i bolesną lekturę. Zachowanie opisane w tych aktach jest przerażająco smutne i złe. Nie ma żadnego usprawiedliwienia, żadnego wytłumaczenia dla tego, co stało się z tymi dziećmi. Zaangażowani w to księża mieli obowiązek być ich duchowymi ojcami i zawiedli. Musimy dziś uznać tę straszną porażkę.”
Pod zarządem Gómeza i z jego błogosławieństwem, Fundacja Królowej Aniołów, publiczne stowarzyszenie wiernych prawa kanonicznego założone przez Marka Anchora Alberta, od 2011 r. ożywiła zaniechany zwyczaj sponsorowania procesji maryjnej i mszy wotywnej na pamiątkę założenia miasta Los Angeles 4 września 1781 r. Od 2012 r. Gómez organizuje procesje maryjne i msze wotywne. Od 2012 roku Gómez jest głównym celebransem tej dorocznej mszy ku czci Nuestra Señora de los Ángeles (Matki Bożej Anielskiej), patronki i imienniczki miasta i hrabstwa Los Angeles.
W piątek, 14 listopada 2014 r., podczas jesiennego spotkania Konferencji Biskupów Katolickich Stanów Zjednoczonych, abp Gomez został wybrany do pełnienia funkcji jednego z delegatów na Światowy Synod Biskupów na temat rodziny w 2015 r., do czasu uzyskania zgody Watykanu.
W dniu 15 listopada 2016 r. został wybrany wiceprzewodniczącym USCCB, a 12 listopada 2019 r. został wybrany na prezydenta USCCB. Jest pierwszym latynoskim biskupem, który kiedykolwiek zajmował to stanowisko.
.