St John’s została założona w 1887 roku przez biskupa Kansas, Elisha Thomas, jako episkopalna szkoła z internatem dla chłopców w wieku 8-18 lat; została poprzedzona przez Phillips Military School, która została założona przez pułkownika Williama Phillipsa, założyciela Salina. Salina Troop 1, jeden z najstarszych oddziałów harcerskich w Ameryce, został zorganizowany 21 stycznia 1910 roku przez F. Johna Romanesa, instruktora w St. John’s, który podobno znał Lorda Baden-Powella, brytyjskiego założyciela skautingu, a także założył skauting w Colorado Springs, Colorado. Oryginalny budynek szkoły, Vail Hall, został ukończony w 1888 roku i powiększony w 1904 roku; został zniszczony przez pożar w listopadzie 1978 roku. Od 1979 roku, coroczna ceremonia ukończenia szkoły obejmuje tradycyjne przekazanie wokół budynku klamki do drzwi wejściowych, odzyskanej z wraku pożaru.
Szkoła została wykorzystana w filmowaniu Up the Academy, spoof magazynu Mad o wojskowych szkołach z internatem. Film z 1980 roku został nakręcony w całości w Salina, głównie na terenie kampusu szkoły.
Szeroki zakres roszczeń o nadużycia zostały złożone przeciwko St John’s w federalnym pozwie w marcu 2012 roku. Zmieniona skarga została złożona przez sześć zestawów rodziców w imieniu kadetów z Kalifornii, Florydy, Tennessee, Kolorado, Teksasu i Illinois. Pozew został rozstrzygnięty na nieujawnionych warunkach w marcu 2014 roku, tuż przed rozpoczęciem procesu. Według rejestrów sądowych, od czerwca 2012 roku St. John’s rozstrzygnął czternaście wcześniejszych pozwów związanych z nadużyciami, złożonych od 2006 roku.Raport z marca 2013 roku stwierdził, że było 339 skarg na pobicia, prześladowania, nękanie i nadużycia w ciągu pięciu lat, w tym studentów, którzy zostali naznaczeni. W grudniu 2018 roku St. John’s został nakazany przez arbitra, aby zapłacić 369 175 USD rodzinie ucznia, który miał 11 lat w 2014 roku, kiedy był zastraszany i sodomizowany przez innego ucznia; arbiter stwierdził, że oprócz nieodpowiedniego i niewłaściwego zarządzania uczniami, szkoła rozluźniła standardy przyjęć w odpowiedzi na malejące zapisy.
.