Mocnym argumentem na to, że nowy ludzki retrowirus XMRV nie jest zanieczyszczeniem laboratoryjnym jest stwierdzenie, że wirusowe DNA jest zintegrowane z chromosomalnym DNA guzów prostaty. Dlaczego ten wynik stanowi tak silny dowód infekcji wirusowej?
Ustalenie zintegrowanej kopii wirusowego genomu – prowirusa – jest krytycznym krokiem w cyklu życiowym retrowirusów. Prowirusowe DNA jest transkrybowane przez komórkową polimerazę RNA II, aby wytworzyć wirusowy genom RNA i mRNA wymagane do zakończenia cyklu replikacyjnego. Bez prowirusowego DNA replikacja retrowirusowa nie może postępować.
Aby wytworzyć prowirusowe DNA, retrowirusowy genom RNA jest przekształcany w dwuniciowe DNA przez wirusowy enzym odwrotną transkryptazę. Etap ten zachodzi w cytoplazmie. Specyficzna i wydajna insercja wirusowego DNA do DNA komórki gospodarza jest katalizowana przez wirusowy enzym zwany integrazą. Enzym ten rozpoznaje i nacina dwa końce wirusowego DNA, a nowe 3′-końce są następnie przyłączane kowalencyjnie do DNA gospodarza w miejscach nacięć wykonanych przez integrazę.
Poniższy obraz przedstawia niektóre z charakterystycznych cech integracji retrowirusowej. Na górze znajduje się niezintegrowany liniowy DNA wirusa mięsaka ptasiego/leukozy, wytworzony przez odwrotną transkrypcję. Po zakończeniu integracji, dwie pary zasad (AA-TT) są tracone z obu końców, a docelowe miejsce 6-bp w DNA gospodarza (różowe) jest powielane po obu stronach prowirusowego DNA. Długość tego miejsca docelowego waha się od 4 do 6 bp w różnych retrowirusach. Prowirusowe DNA (środek) kończy się konserwowaną sekwencją 5′-T G…C A-3′. Prowirus służy jako szablon do produkcji wirusowego genomu RNA (dół).
Aby zidentyfikować prowirusowe DNA XMRV, genomowe DNA zostało wyizolowane z guzów prostaty, a DNA zostało amplifikowane przy użyciu primera, który annealed w wirusowym genie env, w pobliżu prawego LTR. Analiza sekwencji nukleotydów amplifikowanych DNA od 14 9 różnych pacjentów wykazała oczekiwaną sekwencję wirusowego CA, po której następowało ludzkie DNA. Jednak inny kardynalny znak integracji retrowirusowej – duplikacja sekwencji DNA gospodarza flankujących miejsce integracji – nie mógł być potwierdzony, ponieważ badano tylko prawe miejsce integracji.
Izolacja całego prowirusowego DNA, w tym obu flankujących miejsc integracji, od pacjentów z rakiem prostaty lub zespołem przewlekłego zmęczenia byłaby dodatkowym dowodem, że XMRV jest wirusem, który infekuje ludzi.
.