Wczesny przykład hypogeum znajduje się w minojskiej witrynie z epoki brązu w Knossos na Krecie. Hogan zauważa, że to podziemne sklepienie miało kształt ula i zostało wycięte w miękkiej skale. Ħal Saflieni Hypogeum w Paola na Malcie jest najstarszym przykładem prehistorycznego hypogeum, którego najwcześniejsza faza datowana jest na 3600-3300 r. p.n.e.; jest to kompleks podziemnych komór, sal i przejść o powierzchni około 500 m2 (5 400 stóp kwadratowych) na trzech poziomach, częściowo wykutych w celu naśladowania architektury świątynnej i zawierających rozległą sztukę prehistoryczną. W Larnaka, Cypr – Lefkaritis Tomb został odkryty w 1999.
Hypogea zostały również znalezione w Dynastic Egiptu, takich jak w Północnej piramidy Mazghuna, Południowej piramidy Mazghuna i Południowej Południowej piramidy Saqqara. Hipogea w starożytnej Palmyrze zawierała loculi zamknięte płytami noszącymi rzeźbione reliefy portretowe, oraz sarkofagi z rzeźbionymi scenami rodzinnych uczt na ich pokrywach.
Późniejsi chrześcijanie budowali podobne podziemne sanktuaria, krypty i grobowce, które nazywali katakumbami. Ale to była tylko różnica w nazwie, a nie cel i rytuały, a archeologiczne i historyczne badania pokazują, że były one skutecznie takie same. Werner Jacobsen napisał:
Podobnie jak inni ambitni Rzymianie, święci-biskupi z III i IV wieku byli zazwyczaj chowani w hypogea na cmentarzach poza murami swoich miast; często to tylko cuda przy ich grobowcach powodowały, że ich następcy przyjmowali bardziej nowoczesne projekty. W Dijon święty i biskup Benignus (zm. ok. 274 r.) został pochowany w dużym sarkofagu w grobowcu komorowym na cmentarzu rzymskim. W VI wieku grobowiec ten dawno już popadł w ruinę i był uważany za pogański, nawet przez biskupa Grzegorza z Langres.
.