ApE to autorski edytor sekwencji wykorzystujący zmodyfikowany format GenBank do zapisu sekwencji. Oprogramowanie może być używane do montażu śladów sekwencjonowania, wirtualnych digestów, adnotacji sekwencji i schematycznego przedstawiania sekwencji. Został on stworzony i jest utrzymywany przez Wayne’a Davisa z Uniwersytetu Utah. Aktualna stabilna wersja, z czerwca 2010, to 1.17, a oprogramowanie działa na systemach Windows, Mac i Unix. Oprogramowanie jest darmowe, ale zachęcamy do przekazywania darowizn.
Features
OS, data format
- runs on Windows, OS X, and Linux/Unix
- imports DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL i ABI
- zapisuje dane w zmodyfikowanym formacie Genbanku (kompatybilnym z DNA Strider)
- eksportuje tabelę cech BankIt w celu przesłania sekwencji do NCBI GenBank
- eksportuje pliki graficzne diagramów sekwencji
Narzędzia i znaczniki sekwencji
- przedstawia istniejące tabele cech, które mogą być rozszerzalne.istniejące rozszerzalne tabele cech, które mogą być wykorzystane do automatycznego anotowania
- wyszukiwania sekwencji, e.np. dla primerów, sond lub miejsc restrykcyjnych
- miejsca restrykcyjne i znaczniki regionów w sekwencji i w prostej kreskówce
- pokazuje translację, Tm, %GC, ORF wybranego DNA
- BLAST wybranej sekwencji w NCBI lub wormbase
- virtual digest including gel diagram
Autor jest bardzo responsywny i w ciągu kilku dni zintegrował sugerowaną przeze mnie opcję eksportu do BankIt. –JS 05:50, 30 czerwca 2010 (EDT)
W ostatnich wersjach ApE (spotkałem się z nim przynajmniej w wersjach 2.0.39 – 2.0.45, może dotyczyć wszystkich wersji 2.0.X?) wydanych w ciągu ostatnich ~12 miesięcy, włączając w to obecne wydanie (2.0.45), występuje poważny błąd wpływający na funkcję wyrównywania. W niektórych przypadkach, gdy sekwencje różnią się pojedynczym indelem pary zasad, wynik wyrównania przez ApE jest nieprawidłowy i niedopasowane reszty nie są podświetlone na czerwono, jak oczekiwano. Może to sprawić, że bardzo łatwo przeoczyć małe delecje podczas sprawdzania danych sekwencjonowania względem oczekiwanej sekwencji. Powinno to zostać poprawione w wersji 2.0.46, która jeszcze nie została wydana. Zobacz raport błędu tutaj („Misalignment of sequences with indels (sometimes)”). Używaj z rozwagą! –Damian Ekiert 12:19, 22 lut 2013 (EST). Obecna wersja, v2.0.46, nie ma tego problemu, mówi raport o błędach — JM 9/2013
Linki do strony głównej ApE
- Strona główna edytora plazmidów ApE & downloads
- ApE wiki dla pytań, odpowiedzi, próśb o funkcje, raportów o błędach, itp.
- download latest preview versions (alphas)
Zobacz także
- ApE review at softpedia
- An OWW tutorial using ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA sequence processing
- Biosoftware for Mac
- Sequence analysis
.