Cały obszar dzisiejszego Allston był częścią Brighton. W 1807 roku miasto oddzieliło się od Cambridge. Allston nigdy nie istniało jako odrębna jednostka polityczna na własnych prawach. Miasto Brighton zostało przyłączone do miasta Boston w 1874 roku. W 1868 r. w zachodniej części Brighton powstała nowa poczta i linia kolejowa. Zostały one nazwane Allston, po Allston Washington, malarz, który mieszkał i pracował po drugiej stronie rzeki Charles w Cambridgeport sekcji Cambridge.
Allston prosperował szybko przez ranczingu bydła i budowy kolei. Jednak hodowla bydła zakończyła się w połowie XX wieku. Allston jest znane jako jedna z niewielu społeczności w Stanach Zjednoczonych nazwana na cześć artysty.
The Boston Patriots (obecnie New England Patriots) z National Football League grał jeden sezon w Allston (w 1970), na Harvard Stadium. Boston Braves grali na Braves Field (obecnie Boston University’s Nickerson Field) od 1915 do 1952 roku.