Na obszarach, gdzie nie praktykuje się nawadniania, różne strefy życia roślinnego można z grubsza podzielić według ilości opadów.
Tropikalne lasy deszczowe występują wzdłuż podziału Nil-Kongo, w częściach Płaskowyżu Jeziora oraz w południowo-zachodniej Etiopii. Ciepło i obfite opady deszczu powodują powstawanie gęstych lasów z dużą różnorodnością tropikalnych drzew i roślin, w tym hebanu, bananowca, kauczuku, bambusa i krzewu kawowego. Mieszane lasy i użytki zielone (sawanna), charakteryzujące się rzadkim wzrostem cienko ulistnionych drzew o średniej wysokości i pokryciem gruntu trawą i wieloletnimi ziołami, występuje w dużej części Płaskowyżu Jeziora, w części Płaskowyżu Etiopskiego, w obszarze, który graniczy z Nilem Niebieskim w pobliżu Al-Ruṣayriṣ i w południowym regionie rzeki Al-Ghazāl.
Na równinach sudańskich przeważa mieszanka cienkich krzewów, ciernistych drzew i otwartych użytków zielonych. Obszar ten jest bagnisty w porze deszczowej, szczególnie w regionie Al-Sudd w środkowym Sudanie Południowym, który ma powierzchnię prawie 100 000 mil kwadratowych. Roślinność tam obejmuje papirus, wysokie trawy bambusopodobne, trzcinę buzdyganek ambatch, lub turor, sałata wodna, gatunek convolvulus, i południowoamerykańskiej hiacynta wodnego.
Na północ od szerokości geograficznej 10 ° N występuje pas ciernistej sawanny lub kraju krzewów sadowniczych charakteryzuje się małych rozproszonych drzewostanów, thornbush, a po deszczu – trawy i zioła. Jednak na północ od tego pasa opady zmniejszają się, a roślinność przerzedza się, tak że krajobraz jest usiany małymi ciernistymi krzewami, głównie akacjami. Od Chartumu w kierunku północnym jest prawdziwa pustynia, z rzadkimi i nieregularnymi opadami, bez stałej roślinności, z wyjątkiem kilku uschniętych krzewów. Trawy i małe zioła mogą być rozproszone wzdłuż linii odwadniających po opadach deszczu, ale obumierają one w ciągu kilku tygodni. W Egipcie roślinność w pobliżu Nilu jest prawie całkowicie wynikiem nawadniania i uprawy.
Wiele odmian ryb występuje w systemie Nilu. Godne uwagi wśród tych znalezionych w dolnym systemie Nilu są okoń nilowy (który może osiągnąć wagę ponad 175 funtów), bolti (gatunek Tilapii), brzana, kilka gatunków sumów, słoniowate ryby i tygrysowate, lub lampart wodny. Większość z tych gatunków, a także podobne do sardynki Haplochromis, ryby płucodyszne i ryby błotne występują aż do Jeziora Wiktorii. Węgorz pospolity penetruje aż na południe do Chartumu, a węgorz kolczasty występuje w Jeziorze Wiktorii.
Painted especially for Encyclopædia Britannica by Tom Dolan, under the supervision of Loren P. Woods, Chicago Natural History Museum
Krokodyl nilowy, występujący w większości odcinków rzeki, nie spenetrował jeszcze jezior dorzecza górnego Nilu. Inne gady występujące w dorzeczu Nilu to żółw o miękkiej skorupie, trzy gatunki jaszczurek monitorujących i około 30 gatunków węży, z których ponad połowa jest jadowita. Hipopotam, niegdyś powszechny w całym systemie Nilu, występuje obecnie tylko w regionie Al-Sudd i na południu.
© Digital Vision/Getty Images
Wiele ławic ryb, które żerowały w wodach Nilu w Egipcie w sezonie powodziowym, zostało zredukowanych lub zniknęło po wybudowaniu Wysokiej Tamy Asuańskiej. Większość gatunków ryb nilowych to ryby migrujące, a zapora uniemożliwiła wielu z nich migrację do jeziora Nasser. Zmniejszenie liczby sardeli we wschodniej części Morza Śródziemnego również przypisuje się poważnemu ograniczeniu odpływu substancji odżywczych z wody, spowodowanemu przez tamę. Jezioro Nasser zostało jednak przekształcone w łowisko komercyjne, w którym kwitnie okoń nilowy i inne gatunki.