TAIR – Over Arabidopsis

Over Arabidopsis

• Samenvatting
• Geschiedenis van Arabidopsis thaliana
• Gemeenschappelijke namen voor een ongewoon onkruid.
• Geografische verspreiding van ecotypen en de geschiedenis van enkele favoriete “lab”-stammen.
• Arabidopsis groeistadia en tijdlijn van gebeurtenissen
• 101 Manieren om Arabidopsis te kweken
• De rol en het belang van Arabidopsis als een modelorganisme
• Genome Snapshot
• Boeken over Arabidopsis en methoden in Arabidopsis onderzoek
• Tijdlijn van belangrijke gebeurtenissen in Arabidopsis onderzoek

Samenvatting Arabidopsis thaliana is een kleine bloeiende plant die veel gebruikt wordt als modelorganisme in de plantenbiologie. Arabidopsis is een lid van de mosterdfamilie (Brassicaceae), waartoe ook gecultiveerde soorten als kool en radijs behoren. Arabidopsis is niet van groot agronomisch belang, maar biedt belangrijke voordelen voor fundamenteel onderzoek in de genetica en de moleculaire biologie. Klik op de link naar NCBI’s Taxonomy Browser om de Arabidopsis taxonomie te bekijken of bekijk de Brassicaceae. Er is ook een Wikipedia-artikel beschikbaar. Enkele nuttige statistieken: Klein genoom (114,5 Mb/125 Mb totaal) is gesequenced in het jaar 2000 (SequenceViewer, AGI). Uitgebreide genetische en fysische kaarten van alle 5 chromosomen (MapViewer). Een snelle levenscyclus (ongeveer 6 weken van ontkieming tot rijp zaad). Zeer hoge zaadproductie en gemakkelijke teelt in beperkte ruimte. Efficiënte transformatiemethoden met behulp van Agrobacterium tumefaciens. Een groot aantal mutantlijnen en genomische hulpbronnen, waarvan er vele beschikbaar zijn bij Stock Centers. Een multinationale onderzoeksgemeenschap van academische, overheids- en industriële laboratoria. Deze voordelen hebben van Arabidopsis een modelorganisme gemaakt voor studies van de cellulaire en moleculaire biologie van bloeiende planten. TAIR verzamelt en stelt de informatie beschikbaar die uit deze inspanningen voortkomt.Zicht op Arabidopsis thaliana Geschiedenis van Arabidopsis thaliana als een onderzoeksorganisme. “Arabidopsis thaliana werd ontdekt door Johannes Thal (vandaar thaliana) in het Harzgebergte in de zestiende eeuw, hoewel hij het Pilosella siliquosa noemde (en het heeft sindsdien een aantal naamsveranderingen ondergaan). Het vroegste verslag van een mutant (voor zover ik weet) was in 1873 (door A. Braun). F. Laibach vatte voor het eerst het potentieel van Arabidopsis thaliana als modelorganisme voor de genetica samen in 1943 – hij had er echter al veel eerder werk mee verricht en publiceerde het juiste chromosoomnummer in 1907. De eerste verzameling van geïnduceerde mutanten werd gemaakt door Laibachs studente E. Reinholz. Haar proefschrift werd ingediend in 1945, het werk gepubliceerd in 1947. Langridge speelde een belangrijke rol bij het vaststellen van de eigenschappen en het nut van het organisme voor laboratoriumstudies in de jaren 1950, evenals Rédei en anderen (zoals J.H. van der Veen in Nederland, J. Veleminsky in Tsjecho-Slowakije en G. Röbbelen in Duitsland) in de jaren 1960. Een van Rédei’s vele belangrijke bijdragen was het schrijven van wetenschappelijke overzichtswerken over Arabidopsis; een bijzonder grondig overzicht staat in Bibliographica Genetica vol 20, No. 2, 1970, pp. 1- 151. Hij schreef een meer gemakkelijk te vinden exemplaar in Ann. Rev. Genet. (1975) vol. 9,111-127. Beide gaan door een deel van de vroege geschiedenis van het gebruik van Arabidopsis in het laboratorium, hoewel de langere 1970 een heeft alle details.”

-van Elliot Meyerowitz, 1998

Gemeenschappelijke namen voor Arabidopsis Volgens Redei, GP. (1992) Een heuristische blik op het verleden van de Arabidopsis genetica. In Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Engels: Wall cress; mouse-ear cress Duits: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse Frans: arabette rameuse, arabette des dames Spaans: arabide Nederlands: zandraket Deens: gåsemad Noors: vårskrinneblom Hongaars: lúdfü Pools: rzodkiewnik Japans: shiro-inu-nazuna Arabidopsis Ecotypes en geografische verspreiding van Arabidopsis Er zijn meer dan 750 natuurlijke collecties van Arabidopsis thaliana verzameld uit de hele wereld en deze zijn beschikbaar bij de twee belangrijkste zaadvoorraadcentra, ABRC en NASC. Deze rassen zijn zeer variabel wat betreft vorm en ontwikkeling (b.v. bladvorm, beharing) en fysiologie (b.v. bloeitijd, ziekteresistentie). Onderzoekers over de hele wereld maken gebruik van deze verschillen in de natuurlijke toegang om de complexe genetische interacties bloot te leggen, zoals die welke ten grondslag liggen aan de reactie van planten op het milieu en de evolutie van morfologische kenmerken. Hoewel veel verzamelingen van natuurlijke entiteiten niet voldoen aan een strikte definitie van een ecotype, worden ze in de wetenschappelijke literatuur meestal ecotypen genoemd. PNG afbeelding van de wereldwijde verspreiding (1993, van Jonothan Clarke) Deze figuur is gemaakt door Jonathan Clarke voor zijn proefschrift (1993) bij Caroline Dean in Norwich, V.K. Deze kaart is gebaseerd op, d.w.z. hertekend van, een origineel van George Redei (1969). Wereldkaart met de geografische verspreiding (lengte- en breedtegraad, hoogte) van meer dan 30 Arabidopsis-ecotypes. Dit beeld werd ons vriendelijk ter beschikking gesteld door de Universiteit van Toronto en is ook beschikbaar als interactieve kaart op hun website http://www.bar.utoronto.ca/ Distribution map of Arabidopsis in the USA from the USDA’s Plants Database.Om de kaart interactief te bekijken (door te klikken op de links van de staten naar de verspreiding over het hele land) en andere gegevens te bekijken, ga naar de Plants Database website en voer een query in voor Scientific Name =Arabidopsis thaliana. Volg de links om de verspreiding en andere links te bekijken. Informatie over de oorsprong van vaak gebruikte ecotypes (Landsberg erecta, Columbia, en Wassilewskija van NASC. Arabidopsis Groeistadia en Tijdslijn Tijdstabel van groeistadia bepaald voor Arabidopsis ecotype Columbia-O van Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Bekijk een time lapse film van een ontkiemend Arabidopsis zaadje, van 0 tot 65 uur na het planten. Het ecotype is Col-0, de beelden werden om de 10 minuten opgenomen. Deze Quicktime film werd aan TAIR ter beschikking gesteld door Dr. Ronny Joosen (Wageningen Universiteit). Bekijk een time lapse film die de groei van Arabidopsis toont vanaf 4 dagen na het planten (dap) tot 22 dap. Columbia planten werden gekweekt in constant licht in een groeikamer; beelden werden elke dertig minuten vastgelegd. Deze Quicktime-video van 65 MB overspant de gebeurtenissen vanaf de ontkieming tot het uitlopen. De originele video werd aan TAIR ter beschikking gesteld door Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) en overgezet in Quicktime-formaat. U kunt Quicktime hier downloaden. Informatie over Arabidopsis als een genetisch modelorganisme Arabidopsis als een modelplant: verslag van de NSF en MASC. Arabidopsis – A Plant Genome Project, één van de Nifty50 van de National Science Foundation, USA. Boeken over Arabidopsis Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel and Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Een uitgebreid, gedetailleerd laboratoriumhandboek voor Arabidopsis met secties over plantengroei, genetische analyse, proteomica en genomica. The Arabidopsis Book Chris Somerville and Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Een webgebaseerd dynamisch compendium van Arabidopsis biologie. Hoofdstukken geschreven door experts in hun vakgebied zijn online en gratis beschikbaar als portable document format (PDF) documenten. Arabidopsis : A Practical Approach. (2000) Zoe Wilson ed. Oxford University Press, Oxford, UK. Meer protocollen en methoden Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson en Jeremy Roberts, eds. CRC Press, Boca Raton, FL, USA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, eds. CSHL Press, New York, VS. Een vrij uitvoerig overzicht van de Arabidopsologie Arabidopsis : an Atlas of Morphology and Development. (1993) John L. Bowman ed. Springer-Verlag, Berlin & New York. Afbeeldingen en beschrijvingen van normale en gemuteerde Arabidopsis planten Methoden in Arabidopsis onderzoek. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protocols and methods for Arabidopsis researchers Tijdlijn 2005: Eerste genoom-release TAIR (versie TAIR 6.0, nov 2005). 2004: Definitieve TIGR Genome release (versie TIGR 5.0, maart 2004). 2003: TIGR 4.0 Genome-release (juni 2003). 2001: Grotere nadruk op functionele en vergelijkende genomica, NSF2010-programma. 2000: Voltooiing van de genoomsequentie. 1999: DNA-chips en microarrays beschikbaar. 1999: Chromosomen II en IV gesequeneerd . 1998: Arabidopsis figureert in Science genoom nummer . 1997: Fysieke kaarten van alle chromosomen voltooid. 1996: Arabidopsis Genome Initiative georganiseerd. 1995: Aanleg van standaard BAC- en P1-bibliotheken. 1994: Start van de cDNA-sequencing. 1993: transformatie met hoge efficiëntie. 1992: Publicatie van de eerste chromosomenwandeling. 1991: Stockcentra en databank opgericht. 1990: Arabidopsis Genome Project gestart. 1989: Eerste T-DNA gemerkt mutantgen gekloond. 1988: Eerste RFLP chromosomenkaart gepubliceerd. 1988: Elektronische Arabidopsis nieuwsgroep opgericht. 1986: Eerste Arabidopsis gensequenties gepubliceerd. 1986: Transformatie met Agrobacterium gerapporteerd 1985: Eerste promotie als model voor moleculaire genetica. 1984: Genoomgrootte en -complexiteit gekarakteriseerd. 1983: Eerste gedetailleerde genetische kaart gepubliceerd. 1980: Toenemende belangstelling voor het gebruik van Arabidopsis voor de studie van plantenbiochemie, -fysiologie en -ontwikkeling. 1976: Tweede Internationale Arabidopsis Conferentie. 1970: Eerste grote overzichtsartikel gepubliceerd. 1965: Eerste Internationale Arabidopsis Conferentie. 1964: Eerste Arabidopsis nieuwsbrief gepubliceerd.