De op 31 maart 1782 gestichte missie San Buenaventura is de negende in de missieketen, de laatste die tijdens het leven van pater Serra werd gesticht en een van de zes die hij persoonlijk wijdde. De missie werd gebouwd als onderdeel van de Santa Barbara Channel sectie, die missies in Santa Barbara en La Purísima, en El Presidio in Santa Barbara omvatte.
De paters, die al drie missies in het noorden en drie in het zuiden van Californië hadden, vreesden een Indiaanse opstand in het midden van de staat. Ze dachten dat een Indiaanse opstand verwoestend zou kunnen zijn, vanwege het terrein van het gebied. De bergen van de Santa Barbara Channel zone hellen sierlijk af naar de oceaan, waardoor er weinig ruimte is voor doorgang. De missionarissen vreesden dat boze Indianen de staat gemakkelijk zouden kunnen verdelen, waardoor de Spanjaarden beperkt zouden worden tot communicatie over zee. De opstand heeft nooit plaatsgevonden en Missie San Buenaventura bleef een grote landbouwproducent.
De Indianen van het gebied waren Chumash, die het gebied bestreken van Ventura noordwaarts tot San Luis Obispo. De Chumash waren de meest geavanceerde van alle missiestammen. Met behulp van kano’s, zoals deze replica van de plankkano, reisden de Chumash vaak naar de Santa Barbara Channel Islands, tot wel 65 mijl van het vasteland. De Chumash blonken uit in het maken van manden, een maatstaf die door de Spanjaarden vaak werd gebruikt om de intelligentie van een Indianenstam te beoordelen. De Indianen gebruikten de manden om te koken, vis te vangen en water te dragen.
Onder leiding van Padre Cambon bouwden de inboorlingen een zeven mijl lang aquaduct dat water van de Ventura Rivier naar dit waterfilteringsgebouw bracht. Het kreeg de toepasselijke naam el caballo, wat “paard” betekent in het Spaans, omdat de spuitmond op een paardenhoofd zou hebben geleken. El caballo wekte later terreur en hoon op toen het werd omgebouwd tot gevangenis.
Uniek aan de Missie San Buenaventura zijn deze houten klokken. Ze werden gebruikt tijdens de Goede Week, tussen Palmzondag en Pasen, terwijl de metalen klokken zwegen. Hoewel het zeker originelen zijn, is hun oorsprong een mysterie.
Na een reeks aardbevingen en een begeleidende vloedgolf in 1812, is de kerk prachtig gerestaureerd; zij bevat een 400 jaar oud kruisbeeld uit de Filippijnen. In het midden boven het tabernakel is St. Bonaventura afgebeeld, patroon van de missie. In de kerk staat ook een schrijn van Nuestra Señora de Guadalupe.