Aproteome is de complete set van eiwitten uitgedrukt door een organisme. De term kan ook worden gebruikt om het assortiment eiwitten te beschrijven dat op een bepaald moment in een bepaald type cel of weefsel wordt geproduceerd. Het proteoom is een uitdrukking van het genoom van een organisme. Maar in tegenstelling tot het genoom, dat wordt gekenmerkt door zijn stabiliteit, verandert het proteoom actief als reactie op verschillende factoren, waaronder de ontwikkelingsfase van het organisme en zowel interne als externe omstandigheden.
De bestudering van het proteoom wordt proteomics genoemd, en omvat het begrijpen van hoe eiwitten functioneren en met elkaar interageren. Zo vouwen veel eiwitten zich op tot complexe driedimensionale structuren, en sommige vormen complexen met elkaar om hun functies uit te oefenen. Bovendien ondergaan eiwitten modificaties, die zowel voor als na de translatie kunnen plaatsvinden. Het proteoom kan met verschillende technieken worden bestudeerd. Zo kan tweedimensionale gelelektroforese worden gebruikt om eiwitten te scheiden op basis van hun grootte en op basis van hun lading. Het proteoom kan ook worden bestudeerd met behulp van een andere laboratoriumtechniek, de zogenaamde massaspectrometrie, waarmee specifieke eiwitten in complexe monsters worden geïdentificeerd.