In de jaren 1700 scheidden de Ponca Indianen zich af van de Omaha stam en stichtten dorpen langs de Niobrara Rivier en Ponca Creek in het huidige Nebraska en Zuid Dakota. Daar leefden zij van tuinbouw en de jacht op bizons. Tot de komst van de Teton Sioux rond 1750, strekte het Ponca territorium zich uit van de Missouri Rivier tot de Zwarte Heuvels. Pokken en andere ziekten in de achttiende en negentiende eeuw verminderden hun aantal. De oorlog van de Sioux dwong hen zich terug te trekken naar een gebied bij de monding van de Niobrara Rivier.
De Ponca’s hebben nooit oorlog gevoerd met de Verenigde Staten, waarmee zij in 1817 hun eerste vredesverdrag sloten. Een handelsverdrag volgde in 1825. In 1858 en 1865 ondertekenden de Ponca ook landoverdrachtsverdragen in ruil voor militaire bescherming en economische bijstand. In de jaren 1860 en 1870 brachten droogte, mislukte bizonjachten en een onophoudelijke Siouxdreiging de Ponca aan de rand van de hongerdood. In plaats van hun verdragsverplichtingen na te komen, stonden de Verenigde Staten in 1868 het land van de Ponca aan de Sioux af. In plaats van opnieuw te onderhandelen over het Sioux verdrag, verplaatste de federale regering de Ponca naar Indian Territory in 1877.
De Ponca verhuizing werd zeer slecht aangepakt. De Verenigde Staten slaagden er niet alleen niet in om de toestemming van de Ponca opperhoofden te verkrijgen, maar verzuimden ook om een reservaat met adequate faciliteiten te voorzien. Volgens sommige schattingen zijn er bijna 158, bijna een derde van de stam, omgekomen tijdens de eerste jaren in Oklahoma. Na de dood van zijn zoon in 1878 keerde Ponca-opperhoofd Standing Bear met een groep volgelingen terug naar Nebraska. Zijn arrestatie en proces leidden tot een baanbrekende beslissing in de federale Indiaanse jurisprudentie. Het hof bepaalde in Standing Bear v. Crook (1879) dat Indianen als personen werden erkend onder het Veertiende Amendement en daarom voor hun rechten konden opkomen. Het besluit splitste de stam in noordelijke en zuidelijke stammen, omdat de volgelingen van Standing Bear in Nebraska mochten blijven.
De zuidelijke Ponca onder leiding van opperhoofd White Eagle vestigden zich op een reservaat van 101.000 hectare in de buurt van de samenvloeiing van de Salt Fork en de Arkansas rivieren in de Cherokee Outlet (de huidige Kay en Noble counties in Oklahoma). Zij vestigden winterkampen langs de Arkansas rivier en bleven hun stamgewoonten in ere houden. Zij verpachtten het grootste deel van hun land aan Euro-Amerikaanse boeren en veeboeren, waaronder de gebroeders Miller van de 101 Ranch.
De Ponca cultuur kwam onder druk te staan in de jaren 1880 en 1890. Agenten en missionarissen probeerden traditionele dansen, huwelijkspraktijken en religieuze gebruiken af te schaffen. Ondanks verzet van de inheemse bevolking legde de regering hen in 1892 haar verkavelingspolitiek op, wat resulteerde in de uiteindelijke vervreemding van een groot deel van hun land. De Ponca kwamen opnieuw onder druk te staan na de ontdekking van olie in en nabij hun reservaat door de olieman Ernest Whitworth Marland in 1911. De ontwikkeling van de Ponca en Tonkawa olievelden veroorzaakte milieuproblemen, waardoor de Ponca gedwongen werden hun winterkampen langs de Arkansas Rivier te verlaten en te verhuizen naar individuele volkstuinen.
Ondanks deze druk bleven de Ponca hun cultuur vormgeven. Velen sloten zich aan bij de Miller Brothers’ 101 Ranch Wild West Show, die hen in staat stelde aspecten van hun traditionele levensstijl na te spelen. De introductie van de peyote religie stelde hen in staat hun eigen versie van het christendom te vestigen. Twee goed opgeleide jonge Ponca’s, Frank Eagle en Louis McDonald, waren medeoprichters van de Native American Church in 1918.
In 1919 vormden Ponca veteranen van de Eerste Wereldoorlog een American Legion afdeling, Buffalo Post 38 genaamd. Deze organisatie blies traditionele gebruiken in verband met de oorlog nieuw leven in, zoals de Ponca oorlogsdans (heluska). Dansen bleef de centrale uitdrukking van de traditionele Ponca cultuur. In heel Oklahoma stonden de Ponca bekend om hun kennis van liederen en dansen. Zij leverden belangrijke bijdragen aan de ontwikkeling van de powwow cultuur op de zuidelijke Vlakten. In 1926 werd Gus McDonald gekroond tot de eerste wereldkampioen fancy dancer, waardoor de Ponca de eer kregen om elk jaar de wereldkampioenschappen te organiseren. De jaarlijkse Ponca powwow, een van de oudste powwows in Oklahoma, wordt elk jaar in augustus gehouden.
In 1950 organiseerden de Ponca een stammenregering in overeenstemming met de Oklahoma Indian Welfare Act van 1936. Het hoofdkwartier van de stam is gevestigd in White Eagle, vijf mijl ten zuiden van Ponca City. In 1961 was Clyde Warrior, een Ponca activist, medeoprichter van de Nationale Indiaanse Jeugdraad. Warrior’s oproep tot zelfbeschikking van de stammen maakte de weg vrij voor een nieuwe generatie Indiaanse activisten in de jaren 1960 en 1970.
Oorlog kenmerkte de politiek van de Ponca stammen in de jaren 1970 en 1980. Beschuldigingen van fraude en wanbeheer leidden tot een groot verloop van ambtenaren in het stamcomité, het bestuursorgaan van de stam. Toen de federale overheid de financiering van de stam in de jaren ’80 verminderde, begon de commissie met een bingo-operatie om de inkomsten te verhogen. Op dit moment zijn Indiaanse kansspelen een van de meest omstreden kwesties tussen de staat Oklahoma en de Ponca gemeenschap.
De betrekkingen tussen de Ponca van Oklahoma en de Ponca van Nebraska verbeterden nadat de regering van de Verenigde Staten de Ponca van Nebraska in 1990 opnieuw had erkend. Sedertdien hebben beiden in talrijke kwesties samengewerkt, o.a. bij de repatriëring van menselijke resten en artefacten in het kader van de NAGPRA (Native American Graves Protection and Repatriation Act). Een van de grootste uitdagingen voor de Ponca-gemeenschap van Oklahoma is het behoud van hun taal en culturele tradities. In 2003 had de Ponca-stam van Oklahoma 2.549 ingeschreven leden.