In de gebieden waar geen irrigatie wordt toegepast, kunnen de verschillende zones van plantenleven ruwweg worden verdeeld volgens de hoeveelheid neerslag.
>
Tropisch regenwoud wordt gevonden langs de Nijl-Congo scheidslijn, in delen van het Lake Plateau, en in het zuidwesten van Ethiopië. Warmte en overvloedige regenval zorgen voor dichte bossen met een grote verscheidenheid aan tropische bomen en planten, waaronder ebbenhout, bananen, rubber, bamboe en koffiestruiken. Gemengd bos- en grasland (savanne), gekenmerkt door een spaarzame groei van dun gebladerte van bomen van gemiddelde hoogte en een bodembedekking van gras en overblijvende kruiden, komt voor in grote delen van het Lake Plateau, in delen van het Ethiopisch Plateau, in het gebied dat grenst aan de Blauwe Nijl bij Al-Ruṣayriṣ, en in de zuidelijke Al-Ghazāl rivier regio.
Op de Soedanese vlakten, overheerst een mengsel van dun struikgewas, doornige bomen, en open grasland. Tijdens het regenseizoen is dit gebied moerassig, vooral in de Al-Sudd regio in centraal Zuid-Soedan, die een oppervlakte heeft van bijna 100.000 vierkante mijl. De vegetatie daar omvat papyrus, hoge bamboe-achtige grassen, riet of turor, watersla, een soort convolvulus, en de Zuidamerikaanse waterhyacint.
Noord van de breedtegraad 10° N bevindt zich een gordel van doornige savanne of boomgaard struikgewas, gekenmerkt door kleine verspreide boomopstanden, doornstruiken, en-na regen-gras en kruiden. Ten noorden hiervan neemt de regenval echter af en dunt de vegetatie uit, zodat het landschap bezaaid is met kleine doornige struiken, meestal acacia’s. Van Khartoem naar het noorden toe is er echte woestijn, met schaarse en onregelmatige regenval en helemaal geen permanente vegetatie, behalve een paar onvolgroeide struiken. Grassen en kleine kruiden kunnen na regenval verspreid liggen langs de drainagelijnen, maar deze sterven na een paar weken af. In Egypte is de vegetatie bij de Nijl bijna geheel het resultaat van irrigatie en cultivatie.
In het Nijlsysteem komen vele vissoorten voor. Opmerkelijke onder die gevonden in het lagere Nijlsysteem zijn de Nijlbaars (die een gewicht van meer dan 175 pond kan bereiken), de bolti (een soort Tilapia), de barbeel, verschillende soorten meerval, de olifant-snuitvis, en de tijgervis, of waterluipaard. De meeste van deze soorten en de sardinelachtige Haplochromis, de longvis en de moddervis komen tot in het Victoriameer voor. De gewone paling dringt door tot in het zuiden van Khartoum, en de stekelaal komt voor in het Victoriameer.
Speciaal voor de Encyclopædia Britannica geschilderd door Tom Dolan, onder toezicht van Loren P. Woods, Chicago Natural History Museum
De Nijlkrokodil, die in de meeste delen van de rivier voorkomt, is nog niet doorgedrongen tot de meren van het stroomgebied van de bovenloop van de Nijl. Andere reptielen in het stroomgebied van de Nijl zijn de soepschildpad, drie soorten varanen en een dertigtal slangensoorten, waarvan meer dan de helft giftig is. Het nijlpaard, dat vroeger in het hele Nijlsysteem voorkwam, komt nu alleen nog voor in het Al-Suddgebied en in het zuiden.
© Digital Vision/Getty Images
Veel scholen vissen die zich tijdens het hoogwaterseizoen in het water van de Nijl in Egypte voedden, zijn sinds de bouw van de Aswandam kleiner geworden of verdwenen. De meeste soorten Nijlvissen waren migranten, en de dam heeft velen verhinderd naar het Nassermeer te migreren. De afname van het aantal ansjovissen in het oostelijk deel van de Middellandse Zee is ook toegeschreven aan de ernstige vermindering van de uitstroom van voedingsstoffen uit het water als gevolg van de dam. Het Nassermeer is echter ontwikkeld tot een commerciële visserij, waar de nijlbaars en andere soorten goed gedijen.