Act IEdit
De kinderkamer van Darling
Als Mr. en Mrs. Darling zich voorbereiden op een avondje uit, spelen twee van hun kinderen, Wendy en John, hoe ze hun ouders zijn. Als Mrs. Darling merkt dat Michael er niet bij is, betrekt ze hem bij het spel en doet met z’n allen mee (“1, 2, 3”) onder toezicht van hond Nana, hun kindermeisje. Als Mr. Darling binnenkomt om zijn das te laten knopen, zet hij vraagtekens bij een hond als kindermeisje, maar Mrs. Darling verdedigt haar. De vorige week, toen de kinderen sliepen, zag Nana een jongen in de kamer die uit het raam vloog voordat ze hem kon vangen, zijn schaduw achterlatend, die mevrouw Darling in een lade heeft opgeborgen. Desondanks staat Mr. Darling erop dat Nana de nacht beneden doorbrengt. Mrs. Darling en de kinderen zingen een slaapliedje (“Tender Shepherd”).
De kinderen vallen in slaap. Een fee, Tinker Bell, en Peter Pan vliegen door het raam naar binnen om zijn schaduw te zoeken. Wendy wordt wakker van het geschreeuw van de jongen als hij zijn schaduw niet meer kan vastmaken en helpt hem door hem weer vast te naaien. Peter is dolblij als zijn schaduw weer vastzit (“I’ve Gotta Crow”) en vertelt haar dat hij in Neverland (“Never Never Land”) woont met de Verloren Jongens. Wendy maakt haar broers wakker, en Peter nodigt ze allemaal uit naar Nooitgedachtland, en belooft ze te leren vliegen. Peter lanceert zichzelf vrolijk in de lucht (“I’m Flying”).
Peter besprenkelt de kinderen met feeënstof en zegt ze “mooie gedachten te denken” (“I’m Flying – Reprise”). De kinderen volgen Peter, maar Michael gaat terug als dienstmeisje Liza de kamer binnenkomt, geeft haar wat van zijn feeënstof en nodigt haar uit om met hen naar Neverland te komen.
Act IIEdit
Neverland
In Neverland staan Peters “Verloren Jongens” buiten hun ondergrondse hol, zich afvragend wanneer hij zal terugkeren, als ze Kapitein Haak en zijn piraten horen (“Piratenlied”). De jongens verstoppen zich. Haak vertelt Smee, zijn rechterhand, dat hij Peter wil doden, omdat hij zijn hand heeft afgehakt en naar een krokodil heeft gegooid, die sindsdien zijn smaak voor Haak heeft ontwikkeld en hem overal volgt. Gelukkig voor Haak heeft de krokodil een klok ingeslikt die tikt en Haak waarschuwt voor zijn aanwezigheid. Haak stuit per ongeluk op de ingang van de schuilplaats, en roept Smee en zijn mannen om voor achtergrondmuziek te zorgen terwijl hij de ondergang van de jongens plant (“Hook’s Tango”), een rijke taart met giftig glazuur. Haak hoort plotseling een luide tik-tak; de krokodil verschijnt, maar Haak ontsnapt. De piraten vluchten, en de jongens verschijnen weer, denkend dat ze veilig zijn. Plotseling verschijnt er een groep “indianen”, geleid door Tiger Lily (“indianen”). Ze laten de jongens alleen, en gaan verder met de jacht op de piraten.
De Verloren Jongens zien Wendy plotseling in de lucht, en omdat ze haar voor een vogel aanzien, schiet een van hen een pijl af. Peter, Michael en John landen en vinden de pijl in haar hart, hoewel ze niet dood is. De Verloren Jongens bouwen een huis om haar heen, in de hoop dat ze hun moeder wordt (“Wendy”), waar ze, als ze wakker wordt, mee instemt. Haak plant de taart, maar Wendy laat de kinderen er niet van eten, omdat ze weet dat het niet goed voor ze zou zijn; in plaats daarvan vertelt ze de jongens verhalen, waaronder Assepoester. Haak is woedend dat de jongens een moeder hebben gevonden. Hij beraamt een plan om Wendy en de jongens te ontvoeren, terwijl Smee en de piraten een ander lied spelen: “Mijn Tarantella”. Nadat de piraten naar hun schip zijn vertrokken, arriveert Liza en danst met de dieren van Neverland, terwijl Peter de wacht houdt buiten het huis.
Een paar dagen gaan voorbij met iedereen die avonturen beleeft. Op een dag in het bos, nadat Peter de jongens heeft geleid in hun volkslied (“I Won’t Grow Up”), lopen ze bijna de piraten tegen het lijf, die Tijgerlelie hebben gevangen genomen en haar aan een boom hebben vastgebonden. Peter verstopt zich en doet de stem van Haak na, om de mannen te bevelen haar vrij te laten. Als Haak aankomt, is hij woedend en eist dat de “geest van het bos” met hem spreekt. Peter laat hen allemaal denken dat hij Haak is, en dat de echte Haak een kabeljauw is. Haak vraagt de “geest” om zijn ware identiteit te onthullen. Haak en zijn piraten proberen Peter in een hinderlaag te lokken, maar ze worden verjaagd door Tiger Lily en haar stam van Indianen.
Terug bij de schuilplaats worden Tiger Lily en haar stam bijna neergeschoten door de jongens, totdat Peter de wapenstilstand tussen hen onthult. Ze roken een vredespijp en zweren eeuwige vriendschap (“Ugg-a-Wugg”). Tiger Lily en haar indianen vertrekken om de wacht te houden bij het huis boven. Wendy vraagt Peter de jongens een slaapliedje te zingen (“Distant Melody”) gebaseerd op het klassieke sprookje Assepoester. Michael en John willen terug naar huis, en Wendy geeft toe ook heimwee te hebben. De jongens wensten dat ze ouders hadden, en Wendy bood hen allemaal die van haar aan. Iedereen is enthousiast over de adoptie, behalve Peter, die zegt dat hij niet zal gaan omdat hij weet dat hij dan groot zal worden. Wendy vertelt hem dat ze een keer per jaar terug zal komen om zijn voorjaarsschoonmaak te doen.
De piraten vallen aan en onderwerpen de indianen. Ze geven Peter een vals teken dat alles veilig is, dus Peter stuurt Wendy, haar broers en de Verloren Jongens verdrietig op pad. Voordat ze vertrekt, zet Wendy Peter’s “medicijn” klaar om in te nemen voordat hij naar bed gaat. Nadat ze in tranen is vertrokken, gooit Peter, die net deed alsof het hem niets kon schelen, zich op een bed en huilt zichzelf in slaap. Als ze het ondergrondse huis verlaten, worden Wendy en de jongens gevangen genomen door de piraten. Haak sluipt het hol binnen en vergiftigt Peter’s medicijnen. Tinker Bell wekt Peter, vertelt hem van de hinderlaag, en waarschuwt hem voor het gif, maar hij wuift haar weg terwijl hij zich voorbereidt op een redding. Wanhopig drinkt ze zelf het vergif. Stervend zegt ze tegen Peter dat als alle jongens en meisjes die in elfjes geloven in hun handen zouden klappen, zij zou blijven leven. Peter vraagt het publiek om te geloven en in hun handen te klappen. Dat doen ze, en Tinker Bell is gered. Peter pakt zijn zwaard en gaat op weg om Wendy en de jongens te redden.
Act IIIEdit
The Jolly Roger
Hook zwelgt in zijn succes (“Hook’s Waltz”). Terwijl de plank wordt klaargemaakt, hoort Haak de tik-tak van de krokodil en raakt in paniek. Het is eigenlijk Peter met een klok, en terwijl Haak ineenkrimpt helpen Peter en de Jongens de Indianen, de dieren en Liza het schip op en verstoppen zich. Peter verstopt zich in een kast en doodt twee piraten die Haak naar binnen stuurt. Een derde piraat, Starkey, weigert Haaks bevel om naar binnen te gaan op te volgen en springt overboord. De piraten dragen de jongens naar binnen, en de jongens doen alsof ze bang zijn terwijl ze naar binnen worden gedragen. Peter vermomt zich als piraat, en de piraten denken dat de “doodle-doo” (zo genoemd omdat Peter nog steeds kraait nadat hij de piraten heeft gedood) alle jongens heeft gedood. Haak gelooft dat het schip nu vervloekt is, en iedereen denkt dat Wendy de bron is. De piraten duwen Wendy op de plank. Peter gooit zijn vermomming weg en de Indianen en dieren vallen aan, evenals de Jongens die nog in leven zijn en gewapend. De piraten worden allemaal verslagen, en Peter daagt Haak uit voor een duel en verslaat hem. Haak dreigt het schip op te blazen met een bom, maar komt de echte krokodil tegen (die Peter ook op het schip heeft gebracht). Peter vangt de afgeworpen bom en gooit hem in zee nadat Haak van de plank glijdt (die de vorm van een glijbaan heeft) met de krokodil achter hem aan. Als Peter zijn vingers in zijn oren stopt, ontploft de bom en wordt Haak ofwel in stukken geblazen ofwel opgegeten door de krokodil. Iedereen zingt Peter’s lof toe (“Finale: I’ve Gotta Crow” ). Voordat de Darling-kinderen en de Verloren Jongens naar Londen gaan, vraagt Liza aan Peter om haar te leren kraaien (“Finale: I’ve Gotta Crow” ).
Terug thuis zitten de Darlings nacht na nacht bij het raam van de kinderkamer, hopend op de terugkeer van hun kinderen. De kinderen komen stilletjes terug en zingen voor hun moeder (“Tender Shepherd” ). De Darlings zijn blij dat ze de Verloren Jongens kunnen adopteren (“Finale: We Will Grow Up”). Wendy belooft op Peter te wachten, in de hoop dat hij op een dag voor haar zal terugkomen.
De jaren verstrijken, en Peter keert terug naar de kinderkamer, en verrast een veel oudere Wendy, die hem niet meer verwachtte. Hij is gekomen om haar mee te nemen naar Neverland voor de lenteschoonmaak, maar ze weigert omdat ze nu volwassen is; getrouwd en met een dochter van haar eigen, Jane. Peter begint te huilen, en Wendy verlaat de kamer bij het geluid van de stem van haar man. Jane wordt wakker en vraagt, net als haar moeder voor haar, “Jongen, waarom huil je?” Peter stelt zich voor, maar Jane weet alles over hem uit de verhalen van haar moeder. Ze heeft op hem gewacht om haar mee te nemen naar Neverland en om te leren vliegen. Peter, nu weer gelukkig, gooit sprookjesstof over haar heen, maar als ze op het punt staan te vertrekken, probeert Wendy hen tegen te houden en zegt: “Oh, kon ik maar met je mee gaan!” In het meest aangrijpende moment van de show, antwoordt Peter met een trieste maar begripvolle glimlach: “Dat kan niet. Zie je, Wendy … je bent te volwassen”. En dus laat Wendy met tegenzin Jane gaan, “alleen voor de lenteschoonmaak.” Haar dochter en de “jongen die niet volwassen wilde worden” vliegen de nacht in terwijl Wendy vanuit het raam toekijkt. (“Finale: Never Never Land “)