Blue Marlin en haar zusterschip waren eigendom van Offshore Heavy Transport uit Oslo, Noorwegen, vanaf hun bouw, respectievelijk in april 2000 en november 1999, tot 6 juli 2001, toen ze werden gekocht door Dockwise. De Amerikaanse marine huurde Blue Marlin van Offshore Heavy Transport om de destroyer USS Cole terug naar de Verenigde Staten te verplaatsen nadat het oorlogsschip was beschadigd door Al-Qaeda zelfmoordterroristen terwijl het voor anker lag in de haven van Aden, Jemen. In de tweede helft van 2003 werd de capaciteit van de Blue Marlin verhoogd en werden twee intrekbare propulsors toegevoegd om de manoeuvreerbaarheid te verbeteren. Het schip is in januari 2004 weer in de vaart genomen. Na deze verbeteringen leverde Blue Marlin het 60.000 ton wegende olieplatform Thunder Horse PDQ af in Corpus Christi, Texas, voor voltooiing.
In juli 2005 verplaatste Blue Marlin de gasraffinaderij Snøhvit van de bouwplaats in Cádiz naar Hammerfest, een reis van 11 dagen. Dit transport werd gefilmd voor het tv-programma Extreme Engineering op Discovery Channel, en ook voor het tv-programma Mega Movers op History Channel.
In november 2005 vertrok Blue Marlin vanuit Corpus Christi om de enorme Sea-based X-band Radar te verplaatsen naar Adak, Alaska, via de zuidpunt van Zuid-Amerika en Pearl Harbor, Hawaii. Het arriveerde in Pearl Harbor op 9 januari 2006, na een reis van 15.000 mijl. In januari 2007 werd de Blue Marlin ingezet om twee hefeilanden, de Rowan Gorilla VI en de GlobalSantaFe Galaxy II, te verplaatsen van de haven van Halifax naar de Noordzee.
Op 16 juni 2012 arriveerde het schip in de haven van Ferrol ter voorbereiding van het vervoer van het incomplete amfibische oorlogsschip HMAS Canberra naar Melbourne. Het Australische schip werd op 4 augustus 2012 op de Blue Marlin gehesen en zou op 12 augustus uitvaren, op weg naar de Australische BAE Systems scheepswerf in Williamstown. Het schip passeerde de Port Phillip Heads en kwam op 17 oktober 2012 aan in Melbourne.
In mei 2019 werd Blue Marlin kort gekaapt voor de kust van Equatoriaal-Guinea. De bemanning schuilde in de citadel van het schip, terwijl de piraten uit frustratie de brug kapot schoten en vluchtten voor de aankomst van de Equatoriaal-Guinese en Spaanse marine.