De associatie tussen migraine en functionele gastro-intestinale stoornissen is bevestigd door vele klinische observaties en epidemiologische studies. Bij de meeste patiënten treden tijdens de aanvallen van migraine, naast diverse neurologische en vasculaire symptomen, gastro-intestinale stoornissen op, waaronder misselijkheid, braken, buikpijn of diarree. Functionele gastro-intestinale stoornissen, zoals het prikkelbare darm syndroom (IBS), worden bij migraine patiënten ook gerapporteerd in perioden tussen de aanvallen in. Anderzijds heeft 23-53% van de IBS-patiënten frequent hoofdpijn. Migraine en IBS komen vaak samen voor met fibromyalgie en andere chronische pijnsyndromen en functiestoornissen. Migraine en IBS treffen ongeveer 10-20% van de algemene bevolking, meestal jongvolwassenen. Beide ziekten komen vaker voor bij vrouwen, wellicht door de rol van oestrogeen in hun pathogenese. Op zoek naar de gemeenschappelijke pathogenetische mechanismen van IBS en migraine wordt de rol van de hersen-darm-as, neuro-immuun en neuro-endocriene interacties overwogen. De invloed van stress op het optreden en de ernst van de symptomen lijkt geassocieerd te zijn met hyperactiviteit van de hypothalamus-hypofyse-bijnier-as. Het enterisch zenuwstelsel als bron van talrijke neurotransmitters en viscerale reflexen is een plausibele gemeenschappelijke pathogene link tussen IBS en migraine. Met name serotonine, de belangrijkste neurotransmitter van het maagdarmkanaal, speelt een relevante rol in de pathogenese van zowel IBS als migraine. Tegenwoordig zijn agonisten en antagonisten van serotoninerge receptoren de meest doeltreffende geneesmiddelen voor de behandeling van IBS en migraine. Sommige bijwerkingen van triptanen, 5-HT(1B/D) agonisten, gebruikt bij de behandeling van migraine kunnen verband houden met de invloed van triptanen op de gastro-intestinale functies. Een beter begrip van de relatie tussen migraine en IBS kan leiden tot een effectievere behandeling van beide ziekten.