Illustreerd in figuur 2(a) is het fluorescentie-emissieprofiel met behulp van het DAPI-FITC filterblok en een cultuur van Indiase Muntjac hertenhuid fibroblast cellen gekleurd met Alexa Fluor 488 geconjugeerd aan falloidine, dat zich bindt aan het intracellulaire filamenteuze actine netwerk. Het absorptiemaximum van Alexa Fluor 488 in zichtbaar licht is 495 nanometer en het emissiemaximum treedt op bij 519 nanometer in het groene gebied van het spectrum. Bovendien werd het preparaat tegelijkertijd gekleurd met DAPI (gericht op DNA in de celkern; excitatie bij 358 nanometer en emissie bij 461 nanometer) en MitoTracker Red CMXRos (gericht op mitochondriën; rode emissie). Let op de afwezigheid van het signaal van de rode fluorofoor (MitoTracker), maar de aanwezigheid van helder groene fluorescentie tentoongesteld door de actine filamenten en de iets lagere intensiteit blauw signaal van DAPI in de celkern.
Een dunne doorsnede van de darm van de muis gekleurd met Alexa Fluor 350 tarwekiem agglutinine, een blauw fluorescerende lectine die specifiek is voor het slijm van de gobletcellen, wordt gepresenteerd in figuur 2 (b). Bovendien werd het monster gelijktijdig gekleurd met Alexa Fluor 568 phalloidin (filamenteuze actine; 600 nanometer emissie) en SYTOX Green (kernen; 504 nanometer excitatie en 523 nanometer emissie). Let op het lage signaalniveau van de blauwe fluorofoor (Alexa Fluor 350), maar de heldergroene fluorescentie van kernen in het weefselmonster als gevolg van SYTOX Groen fluorescentie. Deze dubbele excitatie filter combinatie effectief elimineert signaal van de rode (Alexa Fluor 568) probe.
Figuur 2 (c) toont de fluorescentie-emissie-intensiteit van een cultuur van rat kangoeroe (PtK2) epitheelcellen die immunofluorescent werden gelabeld met primaire anti-bovine alfa-tubuline muis monoklonale antilichamen gevolgd door geiten anti-muis Fab fragmenten geconjugeerd met Alexa Fluor 488. Bovendien werd het preparaat gelabeld met Hoechst 33258, dat selectief bindt aan DNA in de celkern, en MitoTracker Red CMXRos (gericht op mitochondriën; rode fluorescentie). Let op de prominente groene kleuring van het intracellulaire microtubuli netwerk dat zich uitstrekt over het hele cytoplasma, en de blauwe emissie van Hoechst 33258 gebonden aan DNA in de kern. De cel in het onderste deel van het beeld lijkt mitose te ondergaan in de prometafase of metafase staat.
Zwitserse muis (3T3 lijn) cellen immunofluorescent gelabeld met primaire anti-cytochroom oxidase muis monoklonale antilichamen gevolgd door geiten anti-muis Fab fragmenten geconjugeerd met Alexa Fluor 568 worden geïllustreerd in figuur 2 (d). Het monster werd ook gelabeld met een aantal extra probes, waaronder lectine Helix pomatia agglutinine (HPA) geconjugeerd met Alexa Fluor 488 (groene emissie), die selectief bindt aan glycoproteïnen in het Golgi-apparaat in deze cellijn. Cytoskeletale actine filamenten werden gekleurd met Alexa Fluor 680 (rode excitatie; nabij-infrarood emissie) en het nucleaire DNA werd gelabeld met DAPI (blauwe emissie). Let op de prominente groene kleuring van het Golgi-apparaat en de blauwe fluorescentie-intensiteit waargenomen in de kernen.
Fluorescentie-emissie van een dunne sectie van de muis nier gekleurd met meerdere (3) fluorophores wordt gepresenteerd in figuur 2 (e). Nuclei in de weefselsectie werden gericht met de nucleïnezuurprobe DAPI, die een excitatiemaximum heeft bij 358 nanometer en een emissiemaximum bij 461 nanometer wanneer gebonden aan DNA in celculturen en weefselsecties. Bovendien werd de cryostaatsectie ook gelijktijdig gekleurd met Alexa Fluor 488 tarwekiemagglutinine (glomeruli en convoluted tubules) en Alexa Fluor 568 phalloidine (filamenteuze actine en de borstelgrens). Let op de aanwezigheid van signaal van zowel de blauwe (DAPI) en groene (Alexa Fluor 488) probes, maar de afwezigheid van oranje-rode fluorescentie als gevolg van Alexa Fluor 568 conjugaten in de actine en borstel grens netwerken.
Autofluorescentie-emissie van een maïskorrel (Zea mays) dunne doorsnede wordt getoond in figuur 2 (f). Endogene autofluorescentie in plantenweefsels is afkomstig van een verscheidenheid van biomoleculen, waaronder chlorofyl, caroteen en xanthofyl. In het ultraviolette en blauwe excitatiegebied heeft chlorofyl een absorptieband met een hoge extinctiecoëfficiënt en produceert het een aanzienlijke hoeveelheid fluorescentie bij excitatie met golflengtes tussen 350 en 500 nanometer. Voor het hierboven afgebeelde maïskorrelweefsel moet worden gewezen op de aanwezigheid van autofluorescentie-emissie-intensiteit in de blauwe en groene spectrale gebieden, die kenmerkend is voor de Nikon DAPI-FITC-fluorescentiefiltercombinatie.