Hulpbisschop van DenverEdit
Op 23 januari 2001 benoemde paus Johannes Paulus II Gómez tot hulpbisschop van het aartsbisdom Denver en tot titulair bisschop van Belali. Hij ontving zijn bisschopswijding op 26 maart uit handen van aartsbisschop Charles J. Chaput, O.F.M. Cap., met de bisschoppen Joseph Fiorenza en Javier Echevarría Rodríguez als mede-wijdelingen. Als bisschoppelijk motto koos hij “Adeamus cum fiducia ad thronum gratiae”, wat betekent “Laten wij vol vertrouwen naderen tot de troon der genade” (Hebreeën 4,16). Hij was het eerste numerieke lid van Opus Dei dat in de Verenigde Staten tot bisschop werd gewijd. Als bisschop is hij niet langer lid van die organisatie aangezien hij rapporteert aan de paus en dus geen verantwoording verschuldigd is aan de prelaat die de leiding heeft over Opus Dei. Gomez heeft gezegd dat hij geen “lid” is van Opus Dei, maar dat hij in Opus Dei tot priester is gewijd en dat zijn spiritualiteit die achtergrond weerspiegelt.
Gómez was van 2001 tot 2003 rector van de Cathedral of the Immaculate Conception in Denver. Daarna was hij zowel moderator van de curie als pastoor van Mother of God Church.
Aartsbisschop van San AntonioEdit
Gómez werd op 29 december 2004 benoemd tot aartsbisschop van San Antonio. In 2005 werd hij door Time uitgeroepen tot een van de 25 meest invloedrijke Hispanics in de Verenigde Staten, en in 2007 stond hij op CNN’s lijst van “Notable Hispanics” in een webspecial ter viering van Hispanic Heritage Month. In 2006 introduceerde aartsbisschop Gomez officieel de Katholieke Gemeenschapsstichting voor de Rooms-Katholieke Kerk van het aartsbisdom San Antonio. In 2007 speelde hij een belangrijke rol bij het samenbrengen van Latijns-Amerikaanse leiders en katholieke bisschoppen voor de oprichting van de Catholic Association of Latino Leaders (CALL).
Tijdens zijn ambtstermijn in San Antonio kreeg Gómez de reputatie een orthodox leider te zijn die enkele van de meer liberaal georiënteerde initiatieven in het bisdom terugdraaide. Hij ontbond de Commissie voor Gerechtigheid en Vrede van het bisdom nadat de leden ervan zich hadden uitgesproken tegen zijn steun aan een grondwetswijziging van de staat die het homohuwelijk verbood. Tijdens de presidentsverkiezingen van 2008 uitte hij publiekelijk zijn bezorgdheid toen St. Mary’s University, de oudste katholieke universiteit van Texas, pro-abortuskandidaat Hillary Clinton toestond een campagne-evenement op de campus te houden. Hij uitte ook zijn bezorgdheid toen een andere katholieke universiteit, Our Lady of the Lake University, een prominente non die volgens sommigen voorstander is van de wijding van vrouwen, toeliet als hoofdspreker op een evenement. Hij verwelkomde Summorum Pontificum, dat meer vrijheid gaf aan de Tridentijnse Mis, en zei dat dit “het rijke erfgoed en de erfenis van de Kerk” zou bewaren.
Hij is lid van de Pauselijke Commissie voor Latijns-Amerika in de Romeinse Curie en van de Board of Trustees van The Catholic University of America. Als lid van de Conferentie van Katholieke Bisschoppen van de Verenigde Staten is hij voorzitter van de Subcommissie voor de Kerk in Latijns-Amerika; in deze laatste hoedanigheid leidde hij een delegatie van drie bisschoppen naar Haïti om de situatie daar te beoordelen na de aardbeving van 2010. Hij is ook verkozen voorzitter van de Commissie voor Migratie, voorzitter van de Task Force voor de Spaanstalige Bijbel, en lid van de Commissie voor Leer.
Aartsbisschop van Los AngelesEdit
Op 6 april 2010 werd Gómez door paus Benedictus XVI benoemd tot coadjutor aartsbisschop van het aartsbisdom Los Angeles. Het aartsbisdom Los Angeles is het grootste katholieke bisdom van het land, waar Latijns-Amerikanen meer dan tweederde van de vijf miljoen katholieken van het aartsbisdom uitmaken. Gómez volgde kardinaal Mahony op 1 maart 2011 op, met een overgangsceremonie op 27 februari 2011. Hij is de eerste Latijns-Amerikaan die aartsbisschop van Los Angeles is, en tevens de hoogstgeplaatste Latijns-Amerikaanse bisschop in de Verenigde Staten. Hij zei: “Ik ben de Heilige Vader zeer dankbaar dat hij mij deze kans heeft gegeven om de Kerk te dienen met een mentor en leider als kardinaal Roger Mahony. Ik ben de apostolisch nuntius, aartsbisschop Pietro Sambi, dankbaar dat hij het vertrouwen van de Heilige Vader in mij heeft gesteund. Ik zal uit alle macht proberen dat vertrouwen te verdienen.”
Gezien als theologisch conservatief, wordt Gómez ook gezien als “een natuurlijke verzoener die bewonderd wordt voor het verenigen van rijk en arm en Anglo- en Hispanic-katholieken”. Hij wordt beschouwd als conservatiever dan zijn voorganger, kardinaal Mahony. Mahony zei echter dat “deze etiketten van ‘conservatief’ en ‘liberaal’ niet echt nuttig zijn in het leven van de kerk” en “ik kan getuigen dat wij beiden een gemeenschappelijke inzet hebben voor Christus en voor de Kerk, en dat wij beiden geïnteresseerd zijn in het volledig bevorderen van de leer van de Kerk en het brengen van de woorden en het voorbeeld van Christus in de hedendaagse maatschappij en wereld”. Gomez zei ook dat het verkeerd zou zijn voor waarnemers om te concluderen dat hij een conservatief was omdat hij een priester van Opus Dei was.
Op 18 september 2012 benoemde paus Benedictus XVI aartsbisschop Gómez tot een van de synodevaders voor de 13e gewone Algemene Vergadering van de Bisschoppensynode over de Nieuwe Evangelisatie in oktober 2012.
Op 24 november 2012 werd hij benoemd tot lid van de Pauselijke Raad voor Sociale Communicatie.
Op 31 januari 2013 verklaarde Gomez dat kardinaal Roger Mahony, aartsbisschop emeritus, “geen administratieve of publieke taken meer zal hebben” voor het aartsbisdom Los Angeles. De aankondiging kwam toen Gomez zijn dossiers onthulde met betrekking tot seksueel misbruik van geestelijken. Hij zei: “Ik vind deze dossiers brutaal en pijnlijk om te lezen. Het gedrag dat in deze dossiers wordt beschreven is vreselijk triest en kwaadaardig. Er is geen excuus, geen verklaring voor wat er met deze kinderen is gebeurd. De betrokken priesters hadden de plicht om hun geestelijke vaders te zijn en zij hebben gefaald. Dat verschrikkelijke falen moeten we vandaag erkennen.”
Onder leiding van Gómez en met zijn zegen heeft de Queen of Angels Foundation, een door Mark Anchor Albert opgerichte kerkrechtelijke vereniging van gelovigen, sinds 2011 het vervallen gebruik om een Mariaprocessie en een Votiefmis te organiseren ter herdenking van de stichting van de stad Los Angeles op 4 september 1781, nieuw leven ingeblazen. Sinds 2012 is Gómez de hoofdcelebrant van deze jaarlijkse mis ter ere van Nuestra Señora de los Ángeles (Onze-Lieve-Vrouw van de Engelen), patrones en naamgeefster van de stad en het graafschap Los Angeles.
Op vrijdag 14 november 2014, tijdens de najaarsvergadering van de Conferentie van Katholieke Bisschoppen van de Verenigde Staten, werd aartsbisschop Gomez gekozen om te dienen als een van de afgevaardigden voor de 2015 Wereldsynode van Bisschoppen over het Gezin, in afwachting van de goedkeuring van het Vaticaan.
Op 15 november 2016 werd hij gekozen tot vicevoorzitter van de USCCB, en op 12 november 2019 werd hij gekozen tot voorzitter van de USCCB. Hij is de eerste Latino bisschop die deze post ooit bekleedde.