Markoff werd geboren in Oakland, Californië, en groeide op in Palo Alto, Californië. Hij studeerde af aan het Whitman College in Walla Walla, Washington, met een B.A. in Sociologie in 1971. Daarnaast behaalde hij een M.A. in sociologie aan de Universiteit van Oregon in 1976.
Na het verlaten van de graduate school, keerde hij terug naar Californië waar hij begon te schrijven voor Pacific News Service, een alternatief nieuwssyndicaat gevestigd in San Francisco. Hij werkte als freelancer voor een aantal publicaties, waaronder The Nation, Mother Jones en Saturday Review. In 1981 werd hij lid van de oorspronkelijke staf van het computerindustrieweekblad InfoWorld. In 1984 werd hij redacteur bij Byte Magazine en in 1985 vertrok hij om verslaggever te worden bij de zakenrubriek van de San Francisco Examiner, waar hij schreef over Silicon Valley.
In 1988 verhuisde hij naar New York om te schrijven voor de zakenrubriek van de New York Times. In november 1988 meldde hij dat Robert Tappan Morris, zoon van National Security Agency cryptograaf Robert Morris, de auteur was van wat bekend zou worden als de Internet worm.
In december 1993 schreef hij een vroeg artikel over het World Wide Web, en verwees ernaar als een “kaart naar de begraven schatten van het informatietijdperk.”
Markoff en Kevin MitnickEdit
Vind bronnen: “John Markoff” – nieuws – kranten – boeken – scholar – JSTOR (maart 2008) (Leer hoe en wanneer u dit sjabloonbericht verwijdert)
Op 4 juli 1994 schreef hij een artikel over Kevin Mitnick, die toen voortvluchtig was voor een aantal wetshandhavingsinstanties. Hij schreef nog een aantal artikelen waarin de gevangenneming van Mitnick werd beschreven. Markoff schreef ook, samen met Tsutomu Shimomura, het boek Takedown over de achtervolging. Het boek werd later een film die in de Verenigde Staten rechtstreeks op video werd uitgebracht. Markoffs schrijven over Mitnick was onderwerp van kritiek van Mitnick-aanhangers en niet-aangesloten partijen die beweerden dat Markoffs verslagen Mitnicks activiteiten en successen overdreven of zelfs verzonnen. Markoff bleef bij zijn verslaggeving in verschillende reacties.
De film ging veel verder, waarbij Markoff zelf in 2000 tegen de San Francisco Chronicle verklaarde: “Ik dacht dat het een fundamenteel oneerlijke film was.” (Mitnick verklaarde dat hij een schikking had getroffen met distributeur Miramax over de film, maar de details waren vertrouwelijk; Miramax heeft dat niet bevestigd.)
Markoff werd ook beschuldigd door Jonathan Littman van journalistieke onfatsoenlijkheid en van het overdreven hypen van Mitnicks werkelijke misdaden. Littman publiceerde een meer sympathiek verslag van Mitnick’s tijd als voortvluchtige in zijn eigen boek over het incident, The Fugitive Game. Verdere controverse ontstond over de release van de film Takedown, waarbij Littman beweerde dat delen van de film zonder toestemming waren overgenomen uit zijn boek The Fugitive Game.
Markoffs betrokkenheid bij Mitnick wordt grondig behandeld in de documentaire Freedom Downtime, waarin een interview wordt gehouden met Markoff die niet in staat is om uit te weiden over de waarheidsgetrouwheid van Mitnick’s beschuldigingen.
Post-MitnickEdit
Na Mitnick bleef Markoff schrijven over technologie, waarbij hij zich soms richtte op draadloze netwerken en vroege verhalen schreef over non-line-of-sight draadloze breedband, phased-array antennes, en multiple-in, multiple-out (MIMO) antennesystemen om Wi-Fi te verbeteren. Hij versloeg Jim Gillogly’s breuk in 1999 van de eerste drie secties van de CIA’s Kryptos code, en schrijft ook regelmatig over halfgeleiders en supercomputers. Hij schreef de eerste twee artikelen over de terugkeer van Admiraal John Poindexter naar de regering en de oprichting van het Total Information Awareness project. Hij won in 2005 de Gerald Loeb Award in de categorie Deadline Writing voor het verhaal “End of an Era”. In 2009 verhuisde hij van de Business/Tech-sectie van de New York Times naar de Science-sectie.
Markoff droeg bij aan de New York Times-stafinzending die de 2013 Pulitzer Prize for Explanatory Reporting ontving. De serie van 10 artikelen onderzocht de zakelijke praktijken van Apple en andere technologiebedrijven. Hij ging op 1 december 2016 met pensioen uit zijn fulltime functie bij de New York Times. Hij blijft werken als freelance journalist voor de Times en andere organisaties en is vrijwilliger bij het Computer History Museum.
Markoff wordt geïnterviewd in Do You Trust This Computer?, een documentaire uit 2018 over kunstmatige intelligentie.