RevcoEdit
Met een nieuwe partner, Bernard Marden, en gebruikmakend van de vaardigheden die hij had opgedaan als groothandelaar, richtte hij een bedrijf op met de naam Odd Lot Trading, een groothandelaar en detailhandelaar in close-out artikelen. In mei 1984 verkochten ze Odd Lot aan Revco Discount Drug Stores in ruil voor 12% van de Revco-aandelen. Al snel daagde hij het Revco-management uit voor controle over het bedrijf, maar na aanvankelijke positieve reacties werd hij afgewezen. Perlmutter en zijn partner dreigden met een vijandige overname, maar zagen daar uiteindelijk van af en verkochten hun aandeel voor 120 miljoen dollar terug aan Revco.
ColecoEdit
Perlmutter had een nauwe band met het management van speelgoedfabrikant Coleco Entertainment Corporation, omdat hij al enige tijd onverkochte voorraden van hen had gekocht. Zoals gebruikelijk in de industrie, waren de betalingsvoorwaarden vaak ongebruikelijk. Bij Coleco kocht Perlmutter onverkochte voorraden in ruil voor 50% contant geld en 50% in “ruilreclamekredieten” (in feite een belofte om te betalen voor de toekomstige reclame-uitgaven van Coleco). Over een periode van vier jaar had Perlmutter 144 miljoen dollar aan goederen ontvangen en 73 miljoen dollar in contanten betaald, samen met het verstrekken van 71 miljoen dollar aan ruilreclamekredieten die in de toekomst zouden worden betaald.
In 1988 zag hij een kans toen Coleco worstelde met zijn schulden door de komst van de personal computer die een invloed had op de verkoop van videospelletjes. Perlmutter kocht alle senior schulden van Coleco (met een nominale waarde van 85 miljoen dollar) voor 50 miljoen dollar, een aanzienlijke korting, en werd senior ten opzichte van hun obligatiehouders in geval van een faillissement. Hoewel Perlmutter geloofde dat een faillissement van Coleco waarschijnlijk was, geloofde hij ook dat de waarde van de Coleco activa voldoende moest zijn om de volledige $85 miljoen aan waarde die hij had gekocht te dekken. In juli 1988, vroeg Coleco een Chapter 11 faillissement aan. De obligatiehouders, die wantrouwig stonden tegenover Perlmutter’s nauwe band met Coleco’s management, klaagden Perlmutter aan op grond van frauduleuze overdracht van de ruil-reclamekredieten (die een zeer belangrijke post vormden op Coleco’s balans). Na uitvoerige onderhandelingen werd een regeling getroffen waarbij Coleco zou worden verkocht aan Hasbro Corporation voor $85 miljoen en Perlmutter $64 miljoen zou accepteren voor zijn inmiddels $90 miljoen vordering (hoofdsom plus rente) in ruil voor de intrekking van de rechtszaak.
RemingtonEdit
In 1994 verkocht Victor Kiam het meerderheidsbelang in Remington Products aan Isaac Perlmutter. Perlmutter werd vice-president van Remington. Kiam en Perlmutter verkochten Remington in 1996 aan Vestar Capital Partners.
MarvelEdit
Isaac Perlmutter was lid van de raad van bestuur van Marvel Comics vanaf april 1993 en was voorzitter van de raad tot maart 1995.
Isaac Perlmutter was ook de mede-eigenaar, met Avi Arad, van Toy Biz (later Marvel Toys), nadat hij in januari 1990 het voorloperbedrijf had gekocht van Charan Industries. Toy Biz, Inc. werd gereorganiseerd bij de Marvel-deal, waarbij Perlmutter eigenaar bleef van het oorspronkelijke Toy Biz, Inc. dat werd omgedoopt tot Zib, Inc. Zib hield zijn buitenlands verkoopfiliaal, Toy Biz International Ltd., een vennootschap naar Hong Kong en Perlmutters aandeel in het nieuwe Toy Biz, Inc.
Toen de Marvel Group failliet ging in 1996, volgden langdurige juridische gevechten over de controle van het bedrijf tussen Perlmutter, Arad, Carl Icahn, en Ronald Perelman. Tegen 1997 hadden Perlmutter en Arad de controle over het bedrijf verworven en Icahn en Perelman verdreven. ToyBiz en Marvel werden samengevoegd in Marvel Enterprises om het uit het faillissement te halen in juni 1998, waarbij ToyBiz een divisie werd van het nieuwe bedrijf.
Op 30 november 2001 werd Perlmutter vice-voorzitter van Marvel. Hij werd de chief executive officer van Marvel Comics op 1 januari 2005. Hij bleef CEO van Marvel Entertainment, ook na de overname van Marvel door The Walt Disney Company op 31 december 2009. Hoewel Perlmutter 800 miljoen dollar in contanten en 590 miljoen dollar in Disney-aandelen ontving na de overname, wilde hij geen zetel in de raad van bestuur van Disney.
In september 2015 stopte Perlmutter met het toezicht op de ontwikkeling van Marvel Studios. Disney vond dat het studiohoofd, Kevin Feige, rechtstreeks moest rapporteren aan de voorzitter van The Walt Disney Studios, Alan Horn, zodat alle cinematische eigendommen van Disney, inclusief Pixar en Lucasfilm, onder één managementstructuur vielen. De herstructurering zou te wijten zijn aan Feige’s “frustratie” om met Perlmutter te werken en aan enkele naar verluidt controversiële opmerkingen en acties van Perlmutter, zoals het vervangen van de casting van Terrence Howard als James Rhodes door Don Cheadle omdat zwarte mensen “er hetzelfde uitzien”. Een persoon met kennis van zijn creatieve aanpak zei: “Ike Perlmutter discrimineert niet en geeft ook niet om diversiteit, hij geeft alleen om wat hij denkt dat geld zal opleveren. “Jeph Loeb, die toezicht houdt op Marvel Television en de televisie-eigenschappen van het Marvel Cinematic Universe, rapporteerde nog tot 2019 aan Perlmutter.