Een vroeg voorbeeld van een hypogeum is gevonden op de Minoïsche vindplaats uit de Bronstijd, Knossos, op Kreta. Hogan merkt op dat dit ondergrondse gewelf de vorm had van een bijenkorf en in het zachte gesteente was uitgehouwen. Het Ħal Saflieni Hypogeum in Paola, Malta, is het oudste voorbeeld van een prehistorisch hypogeum, waarvan de vroegste fase dateert van 3600-3300 v.C.; het is een complex van ondergrondse kamers, zalen en gangen met een oppervlakte van ongeveer 500 m2 op drie niveaus, gedeeltelijk uitgehouwen om de tempelarchitectuur te imiteren en met uitgebreide prehistorische kunst. In Larnaka, Cyprus, werd in 1999 de Lefkaritis-tombe ontdekt.
Hypogea werden ook gevonden in Dynastiek Egypte, zoals bij de Noordelijke Mazghuna-piramide, de Zuidelijke Mazghuna-piramide en de Zuidelijke Zuidelijke Saqqara-piramide. De hypogea in het oude Palmyra bevatten loculi gesloten met platen voorzien van gebeeldhouwde portretreliëfs, en sarcofagen met gebeeldhouwde familiebanketscènes op hun deksels.
De latere christenen bouwden soortgelijke ondergrondse heiligdommen, crypten en graftombes, die zij catacomben noemden. Maar dit was slechts een verschil in naam, in plaats van doel en rituelen, en archeologisch en historisch onderzoek toont aan dat ze in feite hetzelfde waren. Werner Jacobsen schreef:
Zoals andere ambitieuze Romeinen, werden de bisschop-heiligen van de derde en vierde eeuw gewoonlijk begraven in hypogea op de begraafplaatsen buiten de muren van hun steden; vaak waren het alleen wonderen bij hun graven die hun opvolgers ertoe brachten modernere ontwerpen aan te nemen. In Dijon werd de heilige en bisschop Benignus (ca. 274) begraven in een grote sarcofaag in een kamergraf op de Romeinse begraafplaats. In de zesde eeuw was de tombe al lang in verval geraakt en werd hij als heidens beschouwd, zelfs door bisschop Gregorius van Langres.