Hoewel de Egyptische pers vrijer was dan onder Nasser of Sadat, voerde Mubarak in 1995 een wet in die journalisten of partijleiders die nieuws publiceerden dat schadelijk was voor een regeringsfunctionaris, gevangen zou zetten. Onder druk van de bevolking werd de wet door het parlement afgezwakt, maar uiteindelijk door het Egyptische Constitutionele Hof ongedaan gemaakt. De toenemende censuur door de islamitische rechtbanken en de rector van de al-Azhar Universiteit temperde echter de vrijheid van meningsuiting en de persvrijheid aan het eind van de 20e en het begin van de 21e eeuw.
In zijn strijd tegen het islamistisch terrorisme nam het regime van Mubarak zijn toevlucht tot preventieve hechtenis en, naar verluidt, marteling. Egyptische terroristen van hun kant hebben verschillende ministers vermoord, bijna Mubarak zelf gedood in Addis Abeba, Ethiopië, in 1995, en toeristen neergeschoten in de buurt van de beroemdste monumenten van Egypte, waaronder een bijzonder gewelddadige aanval in Luxor in 1997. Een vooraanstaande islamist, sjeik ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, ontsnapte naar de Verenigde Staten, waar hij in 1993 deelnam aan een bomaanslag met een vrachtwagen op het World Trade Center in New York City en later werd veroordeeld tot levenslange gevangenisstraf voor die misdaad en voor samenzwering tot het plegen van verdere aanslagen. Een andere islamistische leider, een kinderarts uit Cyprus genaamd Ayman al-Zawahiri, vluchtte naar Afghanistan, waar hij leden van de EIJ aanvoerde om zich aan te sluiten bij de transnationale terroristische organisatie Al Qaida. Ondanks regeringsinitiatieven om het probleem onder controle te krijgen, blijft het binnenlands terrorisme een bedreiging voor de stabiliteit van Egypte.
Sommige sociale en economische problemen waren het gevolg van of werden verergerd door de betrokkenheid van Egypte bij de Perzische Golfoorlog (1990-91) aan de zijde van de door de VS geleide coalitie. Egyptische troepen namen deel aan het conflict, evenals soldaten uit vele Arabische landen. Hoewel Egypte voor zijn deelname werd beloond met de kwijtschelding van miljarden dollars die het verschuldigd was voor de aankoop van wapens van het Westen, verloren vele Egyptische expatriates hun baan in Irak als gevolg van de invasie van Koeweit door dat land. Evenzo werd de hoop van Egypte dat zijn aannemers de aanbestedingen voor de wederopbouw van Koeweit na de oorlog zouden winnen, teleurgesteld, en een plan om Egyptische en Syrische troepen als vredeshandhavers in de regio te stationeren werd door de Perzische Golfstaten afgewezen. Misschien begrijpelijk, begonnen de financieel gespannen Egyptenaren een afkeer te krijgen van rijke Saoedi’s, Koeweiti’s en andere Golf-Arabieren die vaak hun vakanties doorbrachten met gokken in de luxe hotels van Caïro.
Het Egyptische publiek werd ook sceptisch over de voortdurende inspanningen van opeenvolgende Amerikaanse presidenten en van hun eigen president om vrede te bevorderen tussen Israël en andere Arabische landen en, in het bijzonder, de Palestijnen. In een veranderende wereldeconomie bestond onder de bevolking de verdenking dat dergelijke pogingen om betere betrekkingen te bevorderen wel eens bijbedoelingen zouden kunnen hebben. Veel Egyptenaren vreesden met name een mogelijke poging van de VS en Israël om de Egyptische industrieën te manipuleren, vooral omdat computer- en informatietechnologie – die beide sterk afhankelijk zijn van het Westen om ze te verkrijgen en te gebruiken – steeds belangrijker worden voor de economische groei. Sinds 2004 staat de uitbreiding van de internetconnectiviteit van het land hoog op de economische agenda van de Egyptische premier, Ahmad Nazif, zelf een computeringenieur.
In feite was Mubaraks inzet voor binnenlandse ontwikkeling duidelijk in zijn keuze van drie opeenvolgende economische planners als premier in de jaren 1990. En hoewel Egypte economisch steeds gesofisticeerder werd, betaalde het daar een hoge prijs voor. De onafhankelijkheid van Egypte werd beknot door de inmenging van internationale geldschieters zoals het IMF, en een groeiend verschil in inkomen en toegang tot middelen zette de verhoudingen tussen rijke en arme burgers onder druk en droeg bij tot de erosie van de eenheid tussen moslims en kopten. Terwijl sommige moslims de kopten ervan beschuldigden als agenten van buitenlandse mogendheden te fungeren en de economie van Egypte te controleren, beschuldigden sommige kopten de moslims ervan kerken te vernielen en Egyptische christenen te dwingen zich tot de islam te bekeren. Hoewel zowel moslim- als christen-Egyptenaren zich voor het grootste deel hebben ingespannen om hun meningsverschillen publiekelijk te minimaliseren teneinde de nationale eenheid te bewaren, heeft de snelle en ongelijke ontwikkeling uiteindelijk een bedreiging gevormd voor het politieke en culturele leiderschap van Egypte in de Arabische wereld.
Arthur Eduard Goldschmidt
De interne spanningen namen toe naarmate het Mubarak-regime de oppositie bleef onderdrukken, dissidente leiders arresteerde en de politieke meningsuiting aan banden legde. Bij de parlementsverkiezingen van november 2010, die de NDP met een overweldigende meerderheid won, werden op grote schaal onregelmatigheden vastgesteld, waardoor de oppositiepartijen in feite uit de Volksvergadering werden gezet.