Tussen 1512 en 1516 maakten de kunstenaars Niclaus van Haguenau (voor het gebeeldhouwde gedeelte) en Grünewald (voor de geschilderde panelen) dit beroemde altaarstuk voor het kloostercomplex van de Antonietenorde in Isenheim, een dorp ongeveer 15 mijl ten zuiden van Colmar. Deze polyptiek, die tot aan de Franse Revolutie het hoofdaltaar van de kapel van het kloosterhospitaal sierde, werd gemaakt in opdracht van Guy Guers, die van 1490 tot 1516 preceptor van de instelling was.
Het klooster van Isenheim, dat rond 1300 werd gesticht, behoorde tot de orde van de Antonieten, die in de 11e eeuw in de Dauphiné in Frankrijk was gesticht. De monniken van de Antonietenorde verzorgden de slachtoffers van het Sint-Antoniusvuur, een verschrikkelijke ziekte die in de Middeleeuwen veel voorkwam. De oorzaak van deze ramp is nu bekend: vergiftiging door een schimmel (moederkoren) die groeit op roggegras en zo het roggemeel besmet dat gebruikt wordt bij de broodbereiding. Ergot bevat een chemische stof die de slachtoffers krankzinnig maakt en gangreen veroorzaakt in handen en voeten door vernauwing van de bloedtoevoer naar de ledematen. Om de zieken te verzorgen, serveerden de Antonieten hen brood van goede kwaliteit en lieten ze hen een brouwsel drinken dat saint vinage werd genoemd, een heilige versterkte wijn, waarin de monniken eerst een speciaal kruidenmengsel hadden laten weken en daarna de relikwieën van de heilige Antonius. Ook vervaardigden zij een zalf van kruiden met ontstekingsremmende eigenschappen.
Geleidelijk aan verwierven de monniken van Isenheim een rijke verzameling kunstwerken die in opdracht van het klooster werden vervaardigd en gefinancierd, waarvan dit altaarstuk er een was. Het werd tot aan de Revolutie in deze religieuze instelling bewaard en in 1792 voor bewaring overgedragen aan de plaatselijke afdeling van de Franse nationale bibliotheek. In 1852 werd het overgebracht naar de kapel van het voormalige dominicanenklooster Unterlinden in Colmar, waar het de belangrijkste schat werd van het museum dat toen werd opgericht en sindsdien de bezoekers blijft boeien en betoveren.