De afvoer van Henrys Lake wordt in de zomer aanzienlijk beperkt door irrigatieoverhevelingen. Aan het eind van het seizoen, wanneer het weer koeler wordt en er minder water wordt afgetapt, wordt er meer water in de beek gelaten, waardoor vissen vanuit het lager gelegen deel van de rivier naar boven kunnen zwemmen. De Nature Conservancy sponsort een leerstation bij de uitstroom.
Zuidelijk van het meer bij Big Springs, stroomt elke dag bijna 500.000 gallons (1.900 m3) constant 52 °F (11 °C) water de rivier in. De rivier stroomt zuidwaarts door een hoog plateau in noordelijk Fremont County, door het Caribou-Targhee National Forest, en passeert het Island Park Reservoir. Zij komt uit het reservoir en stroomt door een canyon die uitmondt in een brede, vlakke weide in de Island Park Caldera in centraal Fremont County. De rivier stroomt langzaam langs de stad Island Park, door het Harriman State Park, ook bekend als de “Railroad Ranch”, en daalt dan snel naarmate zij de wand van de caldera nadert, waarbij zij over zowel Upper Mesa als Lower Mesa Falls stroomt, en uit de bergen op de Snake River Plain bij Ashton uitkomt. De rivier stroomt zuidwestwaarts over de vlakte, voorbij St. Anthony, en splitst zich in meerdere kanalen in een brede binnenlandse delta ten noorden van Rexburg. Ongeveer 8 km ten westen van Rexburg mondt de rivier vanuit het oosten uit in de Teton. Hij mondt uit in de Snake vanuit het noordoosten, ongeveer 16 km ten zuidwesten van Rexburg, net onder 1.463 m (4.800 voet).
Island Park Reservoir, een onderdeel van het Minidoka Project, wordt gebruikt voor irrigatie in de Snake River Plain. De rivierafvoer is een van de belangrijkste visgronden voor regenboogforel in Idaho wat betreft habitat, vispopulaties en gebruik door sportvissers. Het deel van de rivier tussen Henry’s Lake en Big Springs is een belangrijk paaigebied voor forel en is gesloten voor vissen.
Henrys Fork staat al lang bekend om zijn uitstekende vismogelijkheden, vooral het vissen met de droge vlieg. Bing Lempke, een pijpfitter uit het nabijgelegen Idaho Falls, werd beschouwd als de plaatselijke deken van de visserij, totdat hij in 1990 overleed.