Het gedicht Flannan Isle wordt door Tom Baker als de Doctor geciteerd aan het einde van het Doctor Who-verhaal Horror of Fang Rock, dat zich afspeelt op een vuurtoren en een buitenaardse verklaring bevat voor de tragedie die de drie vuurtorenwachters en de overlevenden van een schipbreuk is overkomen.
Voor het album Chansons des mers froides (Songs from the Cold Seas) uit 1994 bewerkte de Franse producer Hector Zazou een fragment van het gedicht Flannan Isle tot een lied getiteld The Lighthouse. De leadzang werd verzorgd door Siouxsie Sioux van Siouxsie and the Banshees, en de achtergrondzang door een vrouwelijke Nanai sjamaan.
De Genesis-song The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (op Archive 1967-75) is gebaseerd op het incident, evenals de opera The Lighthouse van Peter Maxwell Davies.
De roman Some Strange Scent of Death van Angela J. Elliott ontleent zijn naam aan een regel uit het gedicht en verhaalt over de verdwijning van de vuurtorenwachters.
Het hoofdverhaal van het videospel Dark Fall II: Lights Out bevat personages en locaties die verband houden met het incident.
De Schotse thrillerfilm The Vanishing uit2018 speelt zich af op de Flannan-eilanden.