In maart 2004 werden vier ondersoorten van de eilandvos geclassificeerd als een federaal beschermde bedreigde diersoort: de eilandvos Santa Cruz, de eilandvos Santa Rosa, de eilandvos San Miguel en de eilandvos Santa Catalina. Sinds 2013 wordt de gehele soort door de IUCN als “bijna bedreigd” aangemerkt, een verbetering ten opzichte van de vorige status van “ernstig bedreigd”. In de jaren 1990 werd een afname van de eilandvossenpopulaties vastgesteld. Op het eiland San Miguel begon de afname in 1994, waarbij de populatie terugliep van 450 volwassen dieren tot 15 in 1999. Een soortgelijke afname van de populatie werd ontdekt op het eiland Santa Cruz. Op het eiland Santa Cruz daalde de populatie van 2.000 volwassen dieren in 1994 tot minder dan 135 in 2000, en op het eiland Santa Rosa, waar de vossen in 1994 wellicht meer dan 1.500 telden, maar in 2000 tot 14 dieren waren gereduceerd. In 2004 waren er 38 vossen op het eiland San Miguel, allen in gevangenschap; 46 vossen in gevangenschap op het eiland Santa Rosa en zeven in het wild (predatie door de steenarend verhinderde het uitzetten van vossen in gevangenschap in het wild); het eiland Santa Cruz telde 25 vossen in gevangenschap en een stabiele wilde populatie van ongeveer 100 vossen.
Predatie door de steenarend, ontdekt toen de vossen van een radiocollar werden voorzien en werden gecontroleerd, bleek de oorzaak te zijn van de hoge sterftecijfers. Volgens gegevens verzameld door Dr. Lyndal Laughrin van de Universiteit van Californië Santa Cruz Island Reserve, was de steenarend vóór de jaren negentig een ongewone bezoeker van de Kanaaleilanden, en werd het eerste steenarendnest in 1999 op Santa Cruz Island geregistreerd. Biologen veronderstellen dat de arend in de jaren 1960 naar de eilanden werd gelokt na de achteruitgang van de zeearend. De steenarend verving de zeearend en begon zich te voeden met wilde varkens nadat de lokale zeearendenpopulatie was vernietigd door blootstelling aan DDT in de jaren 1950 – de zeearend zou de steenarend ervan hebben weerhouden zich op de eilanden te vestigen terwijl hij zich voedde met vis.
De wilde varkens op Santa Rosa werden in het begin van de jaren 1990 uitgeroeid door de National Park Service, waardoor een van de voedselbronnen van de steenarend werd weggenomen. De steenarend begon toen te jagen op de vossenpopulatie op het eiland. Wilde varkens op Santa Cruz Island en herten en elanden op Santa Rosa Island werden bijna 70 jaar voor de afname van de eilandvos geïntroduceerd, daarom heeft de steenarend deze dieren waarschijnlijk niet als alternatieve prooi gezocht. Dit is waarschijnlijk het gevolg van een proces dat bekend staat als schijnconcurrentie: in dit proces voedt een roofdier, zoals de steenarend, zich met ten minste twee prooien, bijvoorbeeld de eilandvos en wilde varkens. Eén prooidier is aangepast aan een hoge predatiedruk en ondersteunt de predatorpopulatie (d.w.z. de varkens), terwijl het andere prooidier (d.w.z. de eilandvos) slecht aan predatie is aangepast en als gevolg van de predatiedruk in aantal afneemt. Er is ook voorgesteld dat de volledige verwijdering van steenarenden de enige maatregel zou kunnen zijn die drie ondersoorten van de eilandvos voor uitsterven zou kunnen behoeden. De varkens op Santa Cruz Island werden echter gedood door de Nature Conservancy op grond van het idee dat zij de adelaars naar de vossen trokken.
Introduceerde ziekten of parasieten kunnen eilandvossenpopulaties verwoesten. Omdat de eilandvos geïsoleerd is, heeft hij geen immuniteit tegen parasieten en ziekten die van het vasteland worden aangevoerd en is hij bijzonder kwetsbaar voor de ziekten die de huishond bij zich kan dragen. Een uitbraak van hondenziekte in 1998 heeft ongeveer 90% van de vossen van Santa Catalina Island gedood, waardoor de populatie is teruggebracht van 1.300 tot 103 in 2000. Er is een vaccinatieprogramma opgezet om de vossen van Catalina Island tegen hondenziekte te beschermen. Na een aantal jaren van zorgvuldig vangen van de vossen en vaccineren tegen hondenziekte en rabiës, bereikte de populatie in 2015 1.717 vossen, waarmee de populatie van voor de ziekte van ongeveer 1.300 vossen werd overtroffen. Wetenschappers denken dat het distempervirus is binnengebracht door een hond of een wasbeer van het vasteland die met een boot of binnenschip is meegereden. Om het ziekterisico uit te sluiten, zijn huisdieren niet toegestaan in het Channel Islands National Park.
De verminderde voedselvoorziening en de algemene achteruitgang van de habitat als gevolg van geïntroduceerde zoogdiersoorten, waaronder wilde katten, varkens, schapen, geiten en Amerikaanse bizons, waarvan de laatste in de jaren twintig van de vorige eeuw op Catalina Island werden geïntroduceerd door een filmploeg uit Hollywood die een western aan het opnemen was, hebben ook een negatief effect gehad op de vossenpopulaties.
De vossen vormen een bedreiging voor een populatie van de ernstig bedreigde San Clemente Island loggerhead shrike die op San Clemente Island verblijft. De vossenpopulatie op het eiland is negatief beïnvloed door het vangen en verwijderen of euthanaseren van vossen door de marine van de Verenigde Staten. Sinds 2000 heeft de marine verschillende beheersstrategieën toegepast: het vangen en vasthouden van vossen tijdens het broedseizoen van de klapekster, de installatie van een elektrische afrastering rond de leefgebieden van de klapekster en het gebruik van schokhalsbandsystemen. Met het geleidelijke herstel van de snavelpopulatie op San Clemente Island, controleert de marine de vossen niet langer.
De populaties van Santa Cruz eiland vossen, San Miguel eiland vossen, en Santa Rosa eiland vossen zijn drastisch hersteld van een dieptepunt in 2000 van 70 voor de Santa Cruz vossen en 15 elk op San Miguel en Santa Rosa eilanden. De Catalina Island Conservancy runt een fokprogramma in gevangenschap op Catalina Island. Op 14 september 2012 publiceerde de US Fish and Wildlife Service een concept herstelplan voor de San Miguel eiland vos, Santa Rosa eiland vos, Santa Cruz eiland vos, en de Santa Catalina eiland vos. In 2012 stelde de Catalina Island Conservancy vast dat er 1.500 Santa Catalina-eilandvossen waren en dat de populatie stabiel was. In 2015 waren er 520 inheemse vossen op San Miguel en 874 op Santa Rosa, volgens de groep Friends of the Island Fox. Het aantal vossen op Santa Cruz Island was gestegen tot 1.750. De US Fish and Wildlife Service heeft aanbevolen de eilandvossen van Santa Cruz, San Miguel en Santa Rosa van de lijst te schrappen in een groot succes van de Endangered Species Act. Zij bevelen echter aan het eiland Santa Catalina te herclassificeren van bedreigd naar bedreigd, vanwege de dreiging van ziekten op dit druk bezochte eiland.
Twee andere ondersoorten op San Nicolas en San Clemente zijn niet bedreigd. Er waren 263 vossen op San Nicolas en 1.230 op San Clemente.
Omdat de Kanaaleilanden bijna geheel eigendom zijn van en gecontroleerd worden door ofwel de Catalina Island Conservancy, The Nature Conservancy, of de federale overheid, heeft de vos een kans om de bescherming te krijgen die hij nodig heeft, inclusief voortdurend toezicht door belanghebbende functionarissen zonder de voortdurende dreiging van menselijke aantasting van zijn habitat.
De vos heeft zich niet kunnen handhaven op Anacapa Island omdat het geen betrouwbare bron van zoet water heeft; Santa Barbara Island is te klein om de voedselbehoeften van een levensvatbare vossenpopulatie te ondersteunen.
Rene Vellanoweth, een archeoloog, gelooft dat inteeltdepressie kan worden beheerst door de verschillende populaties eilandvossen te mengen, ongeveer zoals de inheemse volkeren deden, door ze van eiland naar eiland te verplaatsen, waardoor een grotere genetische diversiteit ontstaat en ze worden geholpen bij het herstel.