Chromofoor, een groep atomen en elektronen die deel uitmaken van een organisch molecuul, waardoor dit gekleurd wordt.
Correlaties tussen de structurele kenmerken van chemische verbindingen en hun kleuren worden gezocht sinds ongeveer 1870, toen werd opgemerkt dat chinonen en aromatische azo- en nitroverbindingen vaak sterk gekleurd zijn en dat de kleuren verminderen of worden vernietigd wanneer de verbindingen worden gehydrogeneerd. Het vermogen van een verbinding om waterstof op te nemen, onverzadiging genoemd, wordt veroorzaakt door de aanwezigheid van elektronen die niet sterk gefixeerd zijn in covalente bindingen tussen bepaalde atomenparen, maar grotere ruimtegebieden (moleculaire banen) innemen die met verschillende atomen geassocieerd kunnen zijn. Deze elektronen kunnen energie absorberen van licht over een bepaald golflengtebereik in het zichtbare gebied; transmissie of reflectie van de rest van het licht geeft aanleiding tot de waargenomen kleur van de verbinding. Diepe kleuring ontstaat als verschillende chromoforen in hetzelfde molecuul nauw met elkaar verbonden zijn of als een andere groep, een zogeheten auxochroom, aanwezig is.