ApE is een eigen sequentie-editor die een gemodificeerd GenBank-formaat gebruikt om sequenties op te slaan. De software kan worden gebruikt voor de assemblage van sequentie-sporen, virtuele digests, sequentie-annotatie en schematische sequentievoorstelling. De software is ontwikkeld en wordt onderhouden door Wayne Davis van de Universiteit van Utah. De huidige stabiele versie, vanaf juni 2010, is 1.17 en de software draait op Windows, Mac en Unix. De software is gratis, maar donaties worden aangemoedigd.
Features
OS, data format
- draait op Windows, OS X, en Linux/Unix
- importeert DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL en ABI sequentie-sporen
- slaat gegevens op in een gewijzigd Genbank bestandsformaat (DNA Strider-compatibel)
- exporteert BankIt feature tabel voor sequentie indiening bij NCBI GenBank
- exporteert grafische bestanden van sequentie diagrammen
Sequence markup and tools
- pre-bestaande uitbreidbare kenmerktabellen die kunnen worden gebruikt voor automatisch annotatie
- volgordes zoeken, e.b.v. voor primers, probes, of restrictieplaatsen
- restrictieplaatsen en regio markup in sequentie en in een eenvoudige cartoon
- toont vertaling, Tm, %GC, ORF van geselecteerd DNA
- BLAST geselecteerde sequentie bij NCBI of wormbase
- virtuele digest inclusief gel diagram
De auteur is zeer responsief en integreerde een BankIt export optie, die ik voorstelde, binnen een paar dagen. –JS 05:50, 30 June 2010 (EDT)
Er is een ernstige bug die de alignment functie beïnvloedt in recente versies van ApE (ik ben het tegengekomen in 2.0.39 – 2.0.45 op zijn minst, kan invloed hebben op alle 2.0.X versies?) uitgebracht in de laatste ~ 12 maanden, inclusief de huidige release (2.0.45). In sommige gevallen waarin de sequenties verschillen door een enkele basis-paar indel, is de uitlijning door ApE onjuist en worden de mismatchende residuen niet rood gemarkeerd zoals verwacht. Hierdoor is het heel gemakkelijk om kleine deleties te missen wanneer je de sequentiegegevens vergelijkt met de verwachte sequentie. Dit zou gecorrigeerd moeten worden in de nog uit te brengen versie 2.0.46. Zie bug report hier (“Misalignment of sequences with indels (sometimes)”). Gebruik met voorzichtigheid! –Damian Ekiert 12:19, 22 februari 2013 (EST). De huidige versie, v2.0.46, heeft dit probleem niet, aldus bug report — JM 9/2013
Links naar de ApE homepage
- ApE plasmid editor homepage & downloads
- ApE wiki voor vragen, antwoorden, feature requests, bug reports, etc.
- download laatste preview versies (alphas)
Zie ook
- ApE review op softpedia
- Een OWW tutorial met ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA sequence processing
- Biosoftware voor Mac
- Sequence analysis