Alles van wat nu Allston is, maakte deel uit van Brighton. In 1807 scheidde de stad zich af van Cambridge. Allston heeft nooit bestaan als een aparte politieke entiteit op zichzelf. De stad Brighton werd in 1874 bij de stad Boston gevoegd. In 1868 werden een nieuw postkantoor en een spoorlijn aangelegd in het westelijke deel van Brighton. Ze kregen de naam Allston, naar Allston Washington, een schilder die aan de overkant van de Charles River had gewoond en gewerkt in het Cambridgeport-deel van Cambridge.
Allston floreerde snel door veehouderij en de aanleg van de spoorlijn. Halverwege de 20e eeuw kwam er echter een einde aan de ranching. Allston staat bekend als een van de weinige gemeenschappen in de Verenigde Staten die naar een kunstenaar zijn genoemd.
De Boston Patriots (nu de New England Patriots) van de National Football League speelden één seizoen in Allston (in 1970), in het Harvard Stadium. De Boston Braves speelden op Braves Field (nu Boston University’s Nickerson Field) van 1915 tot 1952.